计算动力学相关性的微型软件包

tidynamics的Python项目详细描述


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一个用来计算随机和分子模拟动力学的小软件包。

License:BSD 3-clause
Author:Pierre de Buyl
Website:http://lab.pdebuyl.be/tidynamics/

潮汐动力学

  • 执行均方位移和相关函数的计算。
  • 接受存储粒子位置和速度的输入numpy数组。
  • 实现了Kneller等人提出的所谓快速相关算法 nMOLDYN分析程序
  • 只依赖于PythonNumPy

要快速了解tidynamics,请查看示例。

目标和计划:

  • 最小依赖性。
  • 作为对分子有用的通用算法的参考实现 以及随机模拟。
  • 为处理互相关和多体系统提供了更大的灵活性。

安装

有必要使用python和numpy来安装和使用tidynamics。

tidynamics可以与pip一起安装:

pip install --user tidynamics

或使用Conda(通过Conda Forge):

conda install -c conda-forge tidynamics

也可以下载源代码并执行setup.py文件。

我用python 2.7、3.5和3.6以及numpy 1.11和1.13运行了测试。如果你遇到 问题,让我知道(见下面的联系方式)

引文

在出版物中使用Tidynamics时,请引用以下文章:

Pierre de Buyl(2018),tidynamics:计算 随机和分子模拟,开源杂志 软件https://doi.org/10.21105/joss.00877

测试

我们使用pytest进行测试:

python -m pytest

安装Tidynamics不会安装测试。有必要下载tidynamics source并安装pytest以运行测试。

联系、支持和贡献信息

要联系tidynamics的作者,可以向Pierre de Buyl发送电子邮件,也可以使用github项目的issue tracker。 现有贡献者列出在文件贡献者中。

欢迎提供错误报告。如果你考虑提出一个功能,请记住目标 以及上面曝光的计划。

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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