脊椎动物中保守tfbss的鉴定工具。
TFBS-footprinting的Python项目详细描述
tfbs_示意图
基于jaspar数据库中的结合数据，tfbs足迹法使用575个位置权重矩阵（pwms）计算预测目标物种（如智人）中的转录因子结合位点（tfbs）。来自各种来源的额外实验数据用于支持或贬低这些预测："transcription factors"通过kelvin13派生而来，用于cc by 3.0
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1背景
2输出
https://rest.ensembl.org/info/compare/species_sets/epo_low_coverage？content type=application/json
4.1输入
- 选项1:CSV参数
- 选项2:ENSEMBL转录ID的简单文本文件
- jaspar tf id文件（不需要）
https://github.com/thirty6f/tfbs_footprinting"的示例文件tf悱ids.txt）
[默认：所有JASPAR TFS]
（"低"或"高"）[默认值："低"]-使用哪种ENSEMBL EPO物种对齐。低覆盖率包含的物种明显更多，建议采用。灵长类动物没有低覆盖率版本。
5过程
遍历每个用户提供的Ensembl转录ID:
- 从用户定义物种组（哺乳动物、灵长类动物、鱼类、蜥脚类）的ENSEMBL数据库中检索EPO对齐的同源序列，以获取用户提供的转录物ID启动子，在用户定义的TSS相对起始/终止位点之间。
- 编辑检索到的对齐方式： < > >
- 用空格字符"-"替换与核苷酸（ACGT）不对应的字符
- 从对齐中删除仅间隙的列。
- 从jaspar-po生成位置权重矩阵（pwms）位置频率矩阵（pfms）。
- 使用全部或用户定义的pwms列表对目标物种序列进行评分。
- 保持对数似然得分大于对应于p值0.001或用户定义p值的得分阈值的预测。
- 当目标物种的实验数据可用时，对目标序列区域的以下各项进行评分：
- 同源哺乳动物物种序列的dna序列保守性
- 接近CAGE支持的转录起始位点（TSS）
- 1800多个样本中靶基因与预测转录因子（tf）表达的相关性
- 接近芯片顺序确定的tfbss（gtrd项目）
- 接近影响目标基因表达的质量性状位点（eqtls）（gtex项目）
- 接近CPG
- 接近ATAC序列峰值（编码项目）
- 计算"结合亲和力得分"作为所有实验数据的得分之和。
- 根据结合亲和力得分对目标物种预测进行排序，生成一个矢量图形，显示映射到目标转录物启动子上的前10个（或用户定义的）唯一tfs，以及如下所述的附加输出。
6种
可以将任何列中任何物种的任何ensembl转录物的启动子区域与同一列的其他成员进行比较，以确定jaspar数据库中描述的575个转录因子的保守结合位点。Enredo Pecan-Ortheus管道用于在每一列物种之间建立全基因组比对。epo_low'表示该列还包含当前版本的测序仍被认为覆盖率较低的基因组。由于物种数量明显更多，我们建议使用低覆盖版本，除了灵长类比较没有低覆盖版本。此列表可能无法完全响应 <表><广告>
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