synbio设计和构建库
synbio的Python项目详细描述
合成生物
synbio是设计和组装dna的库。用户可以设计质粒或库并导出多步骤构建协议。输入seqrecords；输出assembly seqrecords、protocols、plate maps和robotic picklists。
安装
# with pip pip install synbio # OR with conda conda install -c jtimmons synbio
型号
synbio只希望用户定义他们的Design和Protocol。有几个协议是预先定义的。
设计
都在synbio.designs：
Combinatorial-要组合退火到所有有效程序集的seqrecords列表CombinatorialBins-用于容器间组合装配的seqrecords容器列表Plasmid-要组合成质粒的seqrecords的单个列表PlasmidLibrary-要合并为质粒的seqrecords列表
协议
都在synbio.protocols：
Gibson-gibson程序集基于NEB's E5510GoldenGate-基于NEB's E1601 的金门程序集
示例
在下面的示例中，用户指定组合库设计。所有seqrecords与其他seqrecords一起进行循环测试。新的和有效的质粒被组装。
在幕后，synbio正在过滤来自设计的seqrecords的所有组合，这些组合将循环成有效的质粒（通过circuits in a graph）。运行protocol之后，用户可以导出板映射（to_csv()）、复合质粒（to_fasta()、to_genbank()）和汇编指令（to_txt()、to_picklists()）。
"""Example of a Combinatorial Golden Gate assembly with human and robot output protocols."""importosfromBio.SeqIOimportparsefromsynbio.designsimportCombinatorialfromsynbio.protocolsimportGoldenGatedefread_all_records():"""Gather all SeqRecords from "goldengate" dir in data."""GG_DIR=os.path.join(".","data","goldengate")records=[]forfileinos.listdir(GG_DIR):iffile.endswith(".gb"):records.extend(parse(os.path.join(GG_DIR,file),"genbank"))returnrecords# create a combinatorial library design from all valid combinationsdesign=Combinatorial(read_all_records())# create a protocol using Golden Gate as the sole composite step and runprotocol=GoldenGate(name="CombinatorialBins Golden Gate",design=design,include=["KanR"],# only keep circularized plasmids with KanRmin_count=5,# only keep circularized plasmids from >=5 SeqRecords)# export all the output plasmids to a multi-FASTAprotocol.to_fasta("plasmids.fasta")# export plate layoutsprotocol.to_csv("plates.csv")# export human protocolprotocol.to_txt("protocol.txt")# export a hamilton picklistprotocol.to_picklists("picklist",platform="hamilton")
质粒.fasta:
>J23100_AB+B0032m_BC+C0012m_CD+B0015_DE+DVK_AE GGAGTTGACGGCTAGCTCAGTCCTAGGTACAGTGCTAGCTACTAGAGTCACACAGGAAAG TACTAAATGATGGTGAATGTGAAACCAGTAACGTTATACGATGTCGCAGAGTATGCCGGT ...
plates.csv:
Setup Wells with volumes (uL) shown: Plate:1,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12 A,B0015_DE(4),C0080_CD(18),R0010_AB(54),water(36) B,B0015_DE(160),DVK_AE(160),cre_CD(18),water(156) ...
protocol.txt:
Combinatorial GoldenGate: 1. Setup PCR plate with (volumes) shown: 1.1. Dilute plasmid DNA to 75 ng/µL in 'water' 1.2. Create 'assembly-mix' from 1:1 T4 Ligase Buffer (10X) and NEB Golden Gate Assembly Mix ...
picklist.gwl:
A;Plate:2;;;15;;2.0;;; D;Plate:3;;;80;;2.0;;; W;;;;;;;;; ...
备选方案
这是一份不详尽的清单。请与我联系以比较这些库/平台和synbio。
- Aquarium是一个用于lims、协议定义/执行和工作流设计的扩展库/应用程序。实验室操作系统。
- Autoprotocol是生命科学实验的规范标准。
- BioBricks是一个基于web的通用焦点编辑器，用于描述生物学实验。
- Plateo是一个python库，用于规划、运行和检查实验室实验。非常适合解析和导出多种格式的板和选择器。
- pydna是一个python-dna组装模拟库，具有人类可读的克隆和组装策略描述。
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