在较大的lis中处理可变大小的子列表我是一名生物工程博士生,想自学Python编程,以使我研究的一部分自动化,但我遇到了一个在更大的列表中处理子列表的问题,我似乎无法解决。在 基本上,我要做的是写一个小脚本,它将处理一个CSV文件,其中 ...2024-03-29 已阅读: n次
如何识别重复的ID并分配新ID?我有一个DNA寡聚物的列表,它们有重复序列的分配。然而,我需要它们与使用它们的质粒的标识符配对 换句话说,我需要这个数据帧: Oligo_sequence Plasmid 0 "ATG" ...2024-03-29 已阅读: n次
Biopython:质粒genbank文件所以我想在biopython中创建一个genbank文件,但是我希望它由集群中的每个质粒完成,而不是一个大集群genbank文件。这是我的代码: gbfile_name="test.gb" o ...2024-03-29 已阅读: n次
plasmidpredictor#质粒检测器给出一些未经校正的原始长读,例如来自pacbio或oxford nanopore的那些,预测应该存在哪个质粒。长读数据的集合常常会错过质粒,特别是当它们非常小或者拷贝数与染色体相比太高/太 ...2024-03-29 已阅读: n次
synbio合成生物 synbio是设计和组装dna的库。用户可以设计质粒或库并导出多步骤构建协议。输入seqrecords;输出assembly seqrecords、protocols、plate maps和 ...2024-03-29 已阅读: n次
cb-platon 说明 输入/输出 安装 用法 示例 数据库 依赖关系 引文 说明 platon从细菌wgs短读程序集中检测质粒contigs。 因此,柏拉图计算复制子分布得分(rds)或标记蛋白 基于预先计算 ...2024-03-29 已阅读: n次
metmap大都会地图 dna甲基转移酶结合基序质粒组装器 总体目的: 同时鉴定多个DNA甲基转移酶(DNA-MTase)的基序 快速启动 此脚本需要Python3.6或更新版本。 使用“pip insta ...2024-03-29 已阅读: n次
mask-plasmid掩膜质粒:从组装好的基因组中创建一个快速床文件 背景 当用微生物基因组数据构建系统发生树时,必须 尽可能接近克隆框架。 识别克隆帧的一种常用技术是将读取映射到引用。 基因组,然后过滤掉所有样本中不存 ...2024-03-29 已阅读: n次
sanger-sequencing 用于质粒验证的半自动sanger序列分析。 这个包裹是诺和诺德的内部黑客活动的结果 生物可持续性基金会中心 改进需要验证质粒的遗传学家的工作流程 桑格测序构建。 开始 在安装了python ...2024-03-29 已阅读: n次
tiptoft#tiptoft给出一些未经校正的原始长读,例如来自pacbio或oxford nanopore的那些,预测应该存在哪个质粒。长读数据的集合常常会错过质粒,特别是当它们非常小或者拷贝数与染色体相比太高 ...2024-03-29 已阅读: n次
plasmidplots 在质粒上绘制基因匹配图的库 此包Python名称:plasmidplots 目前版本: plasmidplots 1.6.3 最后维 ...2024-03-29 已阅读: n次
mob-suite mob_套件是一套从草图和完整基因组组合中寻找、分型和重组质粒的工具。 此包Python名称:mob-suite 目前版本: mob-suite 1 ...2024-03-29 已阅读: n次
plasmiduncover 使用bowtie2映射从wgs数据获取质粒id的脚本 此包Python名称:plasmiduncover 目前版本: plasmiduncover ...2024-03-29 已阅读: n次