史密斯-沃特曼局部对齐器
swalign的Python项目详细描述
swalign公司 ==
这个包实现了一个Smith-Waterman风格的局部对齐算法。你 可以将查询序列与引用对齐。评分函数可以基于 在矩阵或简单恒等式上。重量可根据匹配/不匹配进行调整 和差距，差距扩大处罚。另外，差距惩罚可以是 受衰退影响，以优先考虑长间隔。
输入文件是fasta格式的序列或序列字符串。
下面是一些入门的基本代码：
import swalign # choose your own values here… 2 and -1 are common. match = 2 mismatch = -1 scoring = swalign.NucleotideScoringMatrix(match, mismatch)
sw = swalign.LocalAlignment(scoring) # you can also choose gap penalties, etc… alignment = sw.align(‘ACACACTA’,’AGCACACA’) alignment.dump()
有关其他用途，请参见bin/swalign中的脚本。
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