多元基因型-环境相互作用的线性混合模型
struct-lmm的Python项目详细描述
结构lmm
结构化线性混合模型（structlmm）是一种计算效率高的方法。 对与多种环境相互作用的位点进行测试和表征[1]。
这是一个独立的模块，实现了structlmm的基本功能。 但是，我们建议使用structlmm via LIMIX2另外 工具：
- gwas的多种方法；
- 在特定变体上表征gxe的方法；
- 命令行界面。
安装
从终端，可以使用pip：
pip install struct-lmm
用法
>>>fromnumpyimportones,concatenate>>>fromnumpy.randomimportRandomState>>>>>>fromstruct_lmmimportStructLMM>>>>>>random=RandomState(1)>>>n=20>>>k=4>>>y=random.randn(n,1)>>>E=random.randn(n,k)>>>M=ones((n,1))>>>x=1.0*(random.rand(n,1)<0.2)>>>>>>lmm=StructLMM(y,M,E)>>>lmm.fit(verbose=False)>>>pv=lmm.score_2dof_assoc(x)>>>print(pv)0.8470017194859742>>>M=concatenate([M,x],axis=1)>>>lmm=StructLMM(y,M,E)>>>lmm.fit(verbose=False)>>>pv=lmm.score_2dof_inter(x)>>>print(pv)0.6781100453132024
问题
如果遇到任何问题，请考虑提交new issue。
作者
许可证
这个项目是根据MIT License授权的。
[1]Moore，R.，Casale，F.P.，Bonder，M.J.，Horta，D.，Franke，L.，Barroso，I.，&； Stegle，O.（2018年）。A linear mixed-model approach to study multivariate gene–environment interactions（第1页）。自然出版集团。
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