stripecaller 0.1.0

脱模机

Vian L等人描述的体系结构条带检测算法的Python实现。在

目前，这个包包含3个脚本：call stripes，pileup stripes和stripe plot：

• 呼叫条纹

  从接触矩阵调用条纹。唯一需要的输入是cool 特定分辨率的URI。该算法将通过以下方式分别检测水平（3’）和垂直（5’）条纹 搜索接触信号显著高于局部背景的连续像素。输出 是bedpe格式的单个文件。在

  在

• 堆积条纹

  此脚本对条纹执行堆积分析。在

  在

• 条纹图

  在热图上显示条纹。在

  在

安装

stripecaller是在类UNIX操作系统上开发和测试的，下面的包或软件是 必需的，可以通过conda <Miniconda installer安装

1. Python 3.5+
2. 多进程
3. Numpy公司
4. 神经质的
5. Matplotlib库
6. 冷却器

首先，添加一些附加频道：

$ conda config --add channels defaults
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge

然后执行以下命令：

最后，通过pip安装stripecaller：

$ pip install stripecaller

使用

打开终端，键入stripecaller -h以获取帮助信息。在

引文