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snpfc的Python项目详细描述
[！[构建状态]（https://travis-ci.com/teammaclean/snpfc.svg？branch=master）（https://travis ci.com/teammaclean/snpfc）
！[Github所有版本]（https://img.shields.io/github/downloads/tsl ramkrishna/https://github.com/teammaclean/snpfc/total.svg）
！[pypi-pypi-pypypi-pypi-pypi-py py python版本]（https://img.shieldeshields.io/pypi/pyversions/3.svg）
snpfc-一种用于过滤和比较来自多个vcf文件的snp的python工具
<1）pythov3.0+
>2）pyvcf
>命令行用法
<1）snpfc.py：帮助
``
用法：snpfc.py[-h][--vcfVCF[VCF…][--滤波器][--比较]
[--频率][--pvalue pvalue]
[--基因型基因型][--质量基因型质量]
[--rawreaddeph raw_read_depth]
[--qualityreaddepth quality_read_depth]
[--深度参考depth_in_reference]
[--depth variant depth_in_variant][--show][--outdir outdir]
使用用户阈值筛选snp并比较来自多个vcf文件的snp
可选参数：
-h，-帮助显示此帮助消息，并退出“…………”空格分隔。默认值：70[int]
--snp调用的pvalue pvalue。默认值：0.05[float]
--snp的基因型基因型调用-
杂合子/纯合子/两者。默认值：杂合子
--snp呼叫的质量基因型质量
基因型质量。默认值：10
--snp调用的raw read depth raw_read_depth
raw read depth。默认值：5
--snp调用的quality read depth quality_read_depth
quality read depth。默认值：5
--snp调用的depth reference depth_in_reference
depth in reference。默认值：5
--snp调用的depth variant depth_in_variant
depth in variant。默认值：5
--在屏幕上显示结果
--输出文件夹的outdir outdir路径。默认值：当前工作目录
````
2）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--outdir./
3）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--compare--outdir./
4）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--outdir./--基因型纯合子--频率80
5）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--outdir./--基因型的质量20
是的模块从snpfc导入snpfc。snpfilter导入snpfilterdepth_in_variant=5）
dofilter.filter（）
````
这将过滤snp并保存在output.vcf文件中。
input3.vcf）获取输入文件数组
docompare.compare（）
````
这将比较输入文件中的snp，并将输出保存在当前工作目录中的文件-input1_snpcompare.txt、input2_snpcompare.txt和input3_snpcompare.txt中。将输出文件保存在指定的输出目录中。
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！[pypi-pypi-pypypi-pypi-pypi-py py python版本]（https://img.shieldeshields.io/pypi/pyversions/3.svg）
snpfc-一种用于过滤和比较来自多个vcf文件的snp的python工具
<1）pythov3.0+
>2）pyvcf
>命令行用法
<1）snpfc.py：帮助
``
用法：snpfc.py[-h][--vcfVCF[VCF…][--滤波器][--比较]
[--频率][--pvalue pvalue]
[--基因型基因型][--质量基因型质量]
[--rawreaddeph raw_read_depth]
[--qualityreaddepth quality_read_depth]
[--深度参考depth_in_reference]
[--depth variant depth_in_variant][--show][--outdir outdir]
使用用户阈值筛选snp并比较来自多个vcf文件的snp
可选参数：
-h，-帮助显示此帮助消息，并退出“…………”空格分隔。默认值：70[int]
--snp调用的pvalue pvalue。默认值：0.05[float]
--snp的基因型基因型调用-
杂合子/纯合子/两者。默认值：杂合子
--snp呼叫的质量基因型质量
基因型质量。默认值：10
--snp调用的raw read depth raw_read_depth
raw read depth。默认值：5
--snp调用的quality read depth quality_read_depth
quality read depth。默认值：5
--snp调用的depth reference depth_in_reference
depth in reference。默认值：5
--snp调用的depth variant depth_in_variant
depth in variant。默认值：5
--在屏幕上显示结果
--输出文件夹的outdir outdir路径。默认值：当前工作目录
````
2）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--outdir./
3）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--compare--outdir./
4）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--outdir./--基因型纯合子--频率80
5）python3脚本/snpfc.py--vcf testfiles/test1.vcf testfiles/test2.vcf testfiles/test3.vcf--filter--outdir./--基因型的质量20
是的模块从snpfc导入snpfc。snpfilter导入snpfilterdepth_in_variant=5）
dofilter.filter（）
````
这将过滤snp并保存在output.vcf文件中。
input3.vcf）获取输入文件数组
docompare.compare（）
````
这将比较输入文件中的snp，并将输出保存在当前工作目录中的文件-input1_snpcompare.txt、input2_snpcompare.txt和input3_snpcompare.txt中。将输出文件保存在指定的输出目录中。
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