scipion-em-spider 1.0.9

安装

您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

1. 稳定版本

scipion installp -p scipion-em-spider

1. 开发人员版本

   • download repository

   git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-spider.git
   

   • install

   scipion installp -p path_to_scipion-em-spider --devel
   

蜘蛛二进制文件将与插件自动安装，但也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/spider-25.02，如果要更改它，请将scipion.conf文件中的spider_home设置为安装spider的文件夹。有关将spider与mpi结合使用的其他信息可以在单独的page中找到。不幸的是，目前我们还不支持spider包装器中的mpi，因为重构几乎所有协议都需要很多努力。：。（ 根据您的cpu类型，您可能希望通过显式设置spider变量将默认二进制文件从spider_linux_mp_intel64更改为其他二进制文件。类似地，您可以修改spider-mpi变量（默认值spider_linux_mpi_opt64）。

要检查安装，只需运行以下scipion测试之一：

scipion test spider.tests.test_protocols_spider_reconstruct.TestSpiderReconstruct
scipion test spider.tests.test_protocols_spider_align.TestSpiderAlign
scipion test spider.tests.test_workflow_spiderMDA.TestSpiderWorkflow
scipion test spider.tests.test_workflow_spiderMDA.TestSpiderConvert
scipion test spider.tests.test_protocols_spider_projmatch.TestSpiderRefinement

执行scipion test --show--grep spider

支持的版本

25.02

2018年，插件更新为支持最新（当时）的spider版本-25.02。这需要大量的代码重构，旧的spider版本21.03的支持不得不停止。自scipion-1.x以来的完整变更日志可用here。

协议

• Align AP SR
• Align pairwise
• CA PCA
• Classification protocols: Diday, K-means, Ward
• 自定义二维蒙版
• 过滤颗粒
• 重建傅里叶
• 精致

参考文献

1. J.Frank等人（1996年）。蜘蛛网：三维电子显微镜及相关领域的图像处理与可视化。JSB公司。116:190-199页。