注意
rs-simtools的Python项目详细描述
RSSimTools公司
用于通用和增强型MDSimulations的OpenMM包装器
这个repo包含几个封装在openMM基础设施上的模拟类，这些类允许快速开发和使用各种MD模拟。在
目前支持的模拟有：最小化、标准MD（基类）、加热和Equil MD模拟（分别为NVT和NPT）、溶剂标度MD、随机加速MD和元动力学MD
安装
依赖项：
RSSimTools只需要很少的依赖项。下面是可以使用conda或pip安装的列表：
python 3.6 or higher
simtk.openmm
numpy
mdtraj
为了安装最新的稳定版本，我们建议使用pip和下面的命令（这是保证提供稳定版本的唯一方法）。在
^{pr2}$或者，您也可以从此repo下载源代码，导航到包含设置.py并使用本地安装
pip install ./
文件
快速启动运行
# Load packages
import parmed
from simtk.openmm import unit
from rs_simtools import MDSimulation, select_atoms
# Note: Requires parameterized parmed in memory named parmed_structure!
#instantiate sim from parmed alone, minimize (save h5 file) and run
mdsim = MDSimulation(parmed_structure=parmed_structure)
mdsim.minimize()
minimized_parmed = mdsim.run(2 * unit.nanosecond)
#build sim using a previous trajectory or h5 file
mdsim = MDSimulation(parmed_structure=parmed_structure, coordinates=trajectory.h5)
#build sim with positional restraints, run some equilibration and remove them for longer run
protein_atoms = select_atoms(parmed_structure=parmed_structure, keyword_selection='protein')
mdsim = MDSimulation(parmed_structure=parmed_structure, atoms_to_restrain=protein_atoms, restraint_weight=4)
mdsim.run(1*unit.nanosecond)
mdsim.update_restraint_weight(2)
mdsim.run(1*unit.nanosecond)
mdsim.remove_positional_restraints()
end_parmed = mdsim.run(4 * unit.nanosecond)
- 项目
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