色谱文件用途

cfutils的Python项目详细描述


cfutils

色谱文件实用程序

用于Sanger测序数据可视化、对齐、变异调用和修剪等。

演示

plot chromatogram with mutation

command to generate demo above

cfutils mut --query ./data/B5-M13R_B07.ab1 --subject ./data/ref.fa --outdir ./data/ --plot

如何安装?

形式Pypi

(如果您不知道发生了什么,请仅使用这种方式)

pip install cfutils

操作源代码

从github克隆

git clone git@github.com:yech1990/cfutils.git 

安装依赖项

make init

进行单元测试

make test

如何使用?

在命令行中

cfutils mut --help

作为python模块

importcfutilsascf

更改日志

  • 为pypi构建为python包
  • 修复高亮度错误基的错误

待办事项

  • []通过比对和绘制色谱图调用突变
  • []添加文档
  • [X]通过峰值位置< /LI>改变x轴
  • []修复修剪后色谱图开关位置的错误
  • [X]作为cli应用程序包装
  • []返回输出中的质量分数
  • []修复选定基不在中间的问题
  • []修复绘图色谱仪呈现错误

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