使用旋转（fx）计算两组笛卡尔坐标（xyz或pdb格式）之间的均方根偏差（rmsd）。kabsch算法），原子重新排序（fx。匈牙利算法），和轴反射，导致最小rmsd。
rmsd的Python项目详细描述
使用旋转计算两个分子的均方根偏差（rmsd）
使用kabsch算法计算均方根偏差（rmsd） （1976）或用于旋转的四元数算法（1991），在两个笛卡尔坐标系之间 以.xyz或.pdb格式显示的坐标，导致 RMSD公司。
有关详细信息，请阅读RMSD和Kabsch algorithm。
动机
你有分子A和B，想计算结构差 介于两者之间。如果你直接计算RMSD你可能 得到的值太大，如下所示。你需要先将 两个分子，然后相互旋转，得到真正的最小值 RMSD公司。这就是这个脚本的作用。
| No Changes | Re-centered | Rotated |
|---|---|---|
| RMSD 2.50 | RMSD 1.07 | RMSD 0.25 |
引文
- 实现：
- 使用旋转计算两个分子的均方根偏差（rmsd），github， http://github.com/charnley/rmsd，<；git提交哈希或版本号>；
- kabsch算法：
- 卡布希W.，1976年， 将两组向量关联的最佳旋转的解决方案， 晶体学报，A32:922-923， doi:http://dx.doi.org/10.1107/s056739476001873
- 四元数算法
- 迈克尔w.沃克、邵乐军和理查德a.沃兹，1991年， 使用双四元数估计三维定位参数，CVGIP：图像理解，54:358-367， doi:http://dx.doi.org/10.1016/1049-9660(91)90036-o
- 四元数算法
在用于科学出版物时，请引用此项目。
安装
最简单的方法是使用包名rmsd，
获取程序vis pypipip install rmsd
或者通过
git clone https://github.com/charnley/rmsd
只有一个python文件，因此您还可以下载 把它放进你的箱子里。
wget -O calculate_rmsd https://raw.githubusercontent.com/charnley/rmsd/master/rmsd/calculate_rmsd.py chmod +x calculate_rmsd
用法示例
使用calculate_rmsd --help查看所有功能。用法很简单 转发，调用calculate_rmsd，在.xyz或 .pdb。在本例中，乙烷具有完全相同的结构，但是 在空间中转换，因此rmsd应该为零。
calculate_rmsd tests/ethane.xyz tests/ethane_translate.xyz
也可以忽略所有的氢（对于大分子 氢在不可分辨的地方移动）并打印旋转的结构 视觉比较。输出将采用xyz格式。
calculate_rmsd --no-hydrogen --print tests/ethane.xyz tests/ethane_mini.xyz
如果原子被扰乱并且没有排列，你可以使用--reorder 将原子从结构B排列到结构A的论点。使用 --reorder-method选择要重新排序的方法。在两者之间选择 {a8}（默认）、距离（非常近似）和蛮力（慢）。
calculate_rmsd --reorder tests/water_16.xyz tests/water_16_idx.xyz
也可以在其他脚本中将rmsd用作库，请参见example.py示例用法。
有问题吗？
在github上提交问题或请求。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
