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关于rmsd 相关联的Python项目和问题：

Python，argparse：如何让nargs=2的type=str和type=in

我花了一些时间在argparse文档上，但是我仍然在为程序中的一个选项而与这个模块斗争： parser.add_argument("-r", "--rmsd", dest="rmsd", nargs= ...

2024-05-14 已阅读: n次

Python：按一列排序并删除重复项

我有一个数据帧，其中有一些重复项，但我不能将它们全部删除。共有四列，一列是标题，另一列是关于分子的重要信息： Title,docking score,glide rmsd,chiral flag li ...

2024-05-14 已阅读: n次

使用文件中的matplotlib进行动画打印

我试图用pyplot绘制一个以这种方式制作的csv文件（2列，从MD分析中获得） FRAME,RMSD 0,0 1,1.404 2,1.816 3,1.728 4,1.385 5,2.071 6,2. ...

2024-05-14 已阅读: n次

Python2 while循环在第二次迭代中失败

我创建了一个程序，要求用户猜测温度（空间温度），然后计算该温度的黑体光谱，并返回测量数据的均方根偏差。然后要求用户再次猜测：以下是键入的代码，因为我还不能嵌入图像： while True: te ...

2024-05-14 已阅读: n次

如何向seaborn distp添加文本

我正在尝试添加一些文本，即在seaborn distplot中按字母顺序命名子批次。在下面是我的代码片段。在 import numpy as np import matplotlib.pyplot ...

2024-05-14 已阅读: n次

如何将PyMOL中的命令输出保存到txt文件？

我是PyMOL新手，我正在尝试编写一个python脚本，该脚本将生成一个.txt文件，并将PyMOL命令输出保存到该文件中。假设它有一个包含pdb文件名的数组和一个将每个文件与特定蛋白质对齐的for循 ...

2024-05-14 已阅读: n次

使用python查找段落中包含的特定模式

我正在尝试使用python遍历一个文件，找到一条特定的信息，然后将其打印到终端。我要查找的信息包含在如下所示的块中： \\Version=EM64L-G09RevD.01\State=1-A1\HF= ...

2024-05-14 已阅读: n次

如何消除使用pandas和matplotlib运行脚本时出现的对角线？

我遇到过类似的情况：matplotlib plot shows an unnecessary diagonal line但是，这对我没有帮助，因为我是从csv文件而不是数据数组生成绘图的。这是我的密码 ...

2024-05-14 已阅读: n次

多维数组热图

试图从199m的多维数组中生成两个199m的热。执行函数时，我得到的错误是： File“/home/jorge/Escritorio/jorge/scripts/energy_景观/energy_横向 ...

2024-05-14 已阅读: n次

对于缺少1个必需的位置参数的<lambda>（）是否有解决方案：“y”

我正在做一些关于蛋白质建模的教程，使用多个模板对同一个蛋白质建模。我目前正在尝试运行align_all.py，但是输出会变成这样 rmsd_list.sort(key=lambda x,y: cmp( ...

2024-05-14 已阅读: n次

H2O交叉验证后的偏差预测和响应列（深度学习）

我一直对深度学习模式有问题。我有一个关于rrc数据帧的模型，如果我有： rrc['preds'] = dp.cross_validation_holdout_predictions().as_data ...

2024-05-14 已阅读: n次

Pandas：如何过滤与一个值相关的所有行？

我有这样一个数据帧和三个列表，其中包含PDB（结构）是旧的还是新的信息： >>> my_df PDB1 PDB2 RMSD Pair 0 A B 0.2 ...

2024-05-14 已阅读: n次

geomep

<；h1>；几何图形<；h1>；此程序旨在对齐几何图形并返回rmsd值。 ...

2024-05-14 已阅读: n次

mdtraj

mdtraj是一个python库，允许用户操纵分子动力学（MD）轨迹和执行各种分析，包括快速RMSD，溶剂可及的表面积、氢键等。MDTRAJ的亮点是各种各样的分子动力学轨迹文件格式支持，包括R ...

2024-05-14 已阅读: n次

show_my_designs

安装安装show_my_designs最困难的部分是确保存在必需的依赖项： python 2.7版 Pygtk 努比 ...

2024-05-14 已阅读: n次

pmapper

Pmapper-三维药效团特征和指纹 pmapper是一个python模块，用于生成3d药效团签名和指纹。特征码用适合快速识别相同药效团的散列编码3d药效团。依赖性 rdkit >= 201 ...

2024-05-14 已阅读: n次

rmsd

使用旋转计算两个分子的均方根偏差（rmsd）使用kabsch算法计算均方根偏差（rmsd）（1976）或用于旋转的四元数算法（1991），在两个笛卡尔坐标系之间以.xyz或.pdb格式显示 ...

2024-05-14 已阅读: n次

pmda

准备使用分析和构建块编写并行分析算法将MDAnalysis与dask一起使用。警告此项目是alpha软件，不稳定的api。它会而且应该快速发展以测试不同的实现方法以无缝直观的方式进行并行 ...

2024-05-14 已阅读: n次

pyRMSD

Pyrmsd==Pyrmsd的目标是快速（简单！）rmsd集合运算的计算，特别是蛋白质构象大集合的矩阵。它还提供了对称距离矩阵实现，提高了访问速度和内存效率。`.pyrmsd在麻省理工学院许可下发布， ...

2024-05-14 已阅读: n次

rms2dfinder

^在amber的cpptraj中的{tt1}$命令对于查找多个结构集群非常有用。您可以直观地将轨迹分为多个结构簇，并通过找出每个簇中总rmsd值最小的帧，找出每个簇中最稳定的结构。 ...

2024-05-14 已阅读: n次

superpose3d

使用旋转、平移和缩放变换注册三维点云。用法 def Superpose3D(X_i, # <-- Nx3 array of coords for the "frozen" point c ...

2024-05-14 已阅读: n次

nanome-rmsd

纳米-RMSD 安装 $ pip install nanome-rmsd 使用量启动插件： $ nanome-rmsd -a plugin_server_address 许可证麻省理工学院 ...

2024-05-14 已阅读: n次