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redundans的Python项目详细描述
###目录
-**[冗余]（冗余）**
-**[先决条件]（先决条件）**
-**[Unix安装程序]（Unix安装程序）**
-**[Docker映像]（Docker映像）**
-**[运行管道]（运行管道）**
-**[参数]（参数）**
-**[试运行]（试运行）**
-**[支持]（支持）**
-**[引用]（引用）**
冗余
冗余管道有助于**杂合子基因组的组装**。
程序接受[作为输入]（参数）**组装的contigs**、**测序库**和/或**参考序列**，并返回**支架纯合子基因组组装**。最终组装应该**更少碎片**，总**尺寸小于**输入控件。此外，冗余将自动**关闭由基因组组装或支架形成的间隙**。
<；img align="right" src="/docs/redundans_flowchart.png">；
管道由三个步骤/模块组成：
1。**冗余减少**：从初始*从头*装配中检测和选择性移除冗余contig
2。**支架**：使用成对末端读取、配对、长读取和/或参考染色体连接基因组片段
3。**间隙闭合**：使用成对端部和/或配对读取数据填补脚手架后的间隙
因此，它甚至可以在笔记本电脑上运行，用于中小型基因组
-**灵活**面向多种测序技术（illumina，454，sanger，pacbio&nanopore）和库类型（成对末端，配对，fosmids，长读）
-**模块化**：每一步都可以由其他工具
-**可靠**：它已经被用于改进大小（从几MB到几GB）和复杂度（真菌、动物和植物）不同的基因组组合
有关更多信息，请参阅[文档]（/docs）、[海报]（/docs/poster.pdf）。[出版物]（http://nar.oxfordjournals.org/content/44/12/e113）和[测试数据集]（/test）。
先决条件
redundans使用多个程序（均在此存储库中提供）：
-[最后]（http://last.cbrc.jp/）v700+
-[bwa]（http://bio-bwa.sourceforge.net/）v0.7.12+
-[对齐器]（https://github.com/amplab/snap）
-[sspace3]（http://www.baseclear.com/genomics/bioinformatics/basetools/sspace）
-[gapcloser]（http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/gapcloser/）
-[pyscaf]（https://github.com/lpryszcz/pyscaf）
-[fastaindex]（https://github.com/lpryszcz/fastaindex）
安装应该简单到：
```
git clone--recursive https://github.com/lpryszcz/redundans.git
cd redundans
（cd bin/bwa&；make clean&；make）
（cd bin/last&；make clean&；make）
（cd bin/snap&；make clean&；make）
```
如果失败，请确保安装了以下依赖项：
-python 2.7或2.6
-perl[sspace3]
-make、gcc&g++[bwa&；最后]即'sudo apt get install make gcc g++`
-[zlib包括zlib.h头]（http://zlib.net/）[bwa]即'sudo apt get install zlib1g dev`
-可选用于绘制'numpy'和'matplotlib'即'sudo-h pip install-u matplotlib numpy`
以方便用户，我们提供[Unix安装程序]（Unix安装程序）和[Docker映像]（Docker映像），可以使用它们来代替手动安装。
Unix安装程序
Unix安装程序将自动获取、编译和配置冗余以及所有依赖项。
它应适用于所有现代Linux系统，给定Python2.7、常用程序（即wget、curl、g it、perl、gcc、g++，ldconfig）和库（zlib包括zlib.h）已安装。
`` bash
源代码<；（curl-ls http://bit.ly/redundans_安装程序）
```
###docker image
首先需要安装[docker]（https://www.docker.com/）：`wget-qo-https://get.docker.com/sh`
然后，您可以通过执行：
`` bash
`处理映像中的数据-所有数据将在结束时丢失
docker run-it-w/root/src/redundans lpryszcz/redundans./redundans.py-v-i test/{6005000}{1,2}.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1
处理本地文件，您需要使用-v
安装卷，确保您位于redundans repo目录（包含test/directory）
docker run-v`pwd`/test:/test:rw-it lpryszcz/redundans/root/src/redundans/redundans.py-v-i test/*.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1
```
docker映像非常重要方便，但有一定的局限性。
对我来说最烦人的是**缺少自动完成**，除非您以与上面示例完全相同的方式指定主机和容器中的路径。
此外，卷每次都需要装入，这会导致一些复杂的命令。< BR>[（https://images.microbadger.com/badges/version/lpryszcz/redundans.svg）]（https://hub.docker.com/r/lpryszcz/redundans/）
！[]（https://images.microbadger.com/badges/image/lpryszcz/redundans.svg）
\支持pacbio和nanopore
-和/或**参考染色体/contigs**（fasta）
*也接受gzip fastq/fasta文件。
冗余将在"scaffolds.filled.fa"（fasta）中返回**纯合基因组组装**。
此外，程序报告[每个管道步骤的统计数据]（/test摘要统计数据），包括移除的contig数量、gc含量、n50、n90和间隙区域的大小。
尽管您还应该指定一些序列库（fasta/fastq）或引用序列（fasta）以执行构建。
大多数管道参数都可以手动调整（默认值用方括号[]）：
**提示**：如果运行失败，可以尝试通过添加"--resume"参数来恢复。
-一般选项：
```
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-v，--详细详细
--版本显示程序的版本号并退出
-f fasta，--fasta fasta
程序集fasta文件
-o outdir，--outdir outdir
输出目录[冗余]
-t线程，--线程
要运行的线程数[4]
--恢复上一次运行
--将日志输出日志记录到[stderr]
````
-缩减选项：
`````
--标识最小值。标识[0.51]
--重叠最小值。重叠[0.66]
--最小长度最小长度
最小连续长度[200]
`````
-脚手架选项：
`````
-i fastq[fastq…]，--fastq fastq[fastq…]
fastq pe/mp文件
-j连接，--连接
连接到contigs的最小k对数[5]
-链接比率，--链接比率链接比率
两个最佳连接对之间的最大链接比率[0.7]
--读取的极限对齐子集[0.2]
对齐读取的子集[0.2]；这意味着将对齐0.2*基因组大小的读取；因此对于100MB基因组，冗余将处理每个库的20M读操作
-q mapq，--mapqmapq最小映射质量[10]
-iters iters每个库的scaffolding迭代[2]
-l[长读[长读…]]，--长读[长读[长读…]]
fastq/fasta长读文件
-r参考，--引用引用
reference fasta file
--norarrangements high identity mode（不允许重排）
`````
redundans是**非常灵活的**。可以使用`--noreduction`、`--noscaffolding`和/或`--nogapclosing`参数命令管道的所有步骤。
要运行测试示例，请执行：
``bash
./redundans.py-v-i test/*.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1
您可以尝试恢复它
rm test/run1/\u sspace.2.1.filled.fa
./redundans.py-v-i test/*.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1--resume
````
注意，**库的顺序（`-i/--input`）并不重要**，只要每个库中的"read1"和"read2"相继给出
即"-i 600_1.fq.gz 600_2.fq.gz 5000_1.fq.gz 5000_2.fq.gz"将被解释为"-i 5000_1.fq.gz 5000_2.fq.gz 600_1.fq.gz 600_2.fq.gz"。
您可以使用**任何输入组合**成对端、配对对、长读和/或基于引用的脚手架，例如：
`` bash
reduction、成对端、配对对和长读的脚手架、成对端和配对对的间隙闭合
./redundans.py-v-i test/*.fq.gz-l test/pacbio.fq.gz test/nanopore.fa.gz-f试验/连续试验/运行短/长
两端成对读数
./redundans.py-v-i test/600？.fq.gz-r test/ref.f a-f test/contigs.fa-o test/run戋ref戋pe-closing--noscaffolding
````
有关详细信息，请参阅[测试目录]（/test）。
您可能还需要登录[我们的论坛]（https://groups.google.com/d/forum/redundans）。
纳尔[doi:10.1093/nar/gkw294]（http://nar.oxfordjournals.org/content/44/12/e113）
-**[冗余]（冗余）**
-**[先决条件]（先决条件）**
-**[Unix安装程序]（Unix安装程序）**
-**[Docker映像]（Docker映像）**
-**[运行管道]（运行管道）**
-**[参数]（参数）**
-**[试运行]（试运行）**
-**[支持]（支持）**
-**[引用]（引用）**
冗余
冗余管道有助于**杂合子基因组的组装**。
程序接受[作为输入]（参数）**组装的contigs**、**测序库**和/或**参考序列**，并返回**支架纯合子基因组组装**。最终组装应该**更少碎片**，总**尺寸小于**输入控件。此外，冗余将自动**关闭由基因组组装或支架形成的间隙**。
<；img align="right" src="/docs/redundans_flowchart.png">；
管道由三个步骤/模块组成：
1。**冗余减少**：从初始*从头*装配中检测和选择性移除冗余contig
2。**支架**：使用成对末端读取、配对、长读取和/或参考染色体连接基因组片段
3。**间隙闭合**：使用成对端部和/或配对读取数据填补脚手架后的间隙
因此，它甚至可以在笔记本电脑上运行，用于中小型基因组
-**灵活**面向多种测序技术（illumina，454，sanger，pacbio&nanopore）和库类型（成对末端，配对，fosmids，长读）
-**模块化**：每一步都可以由其他工具
-**可靠**：它已经被用于改进大小（从几MB到几GB）和复杂度（真菌、动物和植物）不同的基因组组合
有关更多信息，请参阅[文档]（/docs）、[海报]（/docs/poster.pdf）。[出版物]（http://nar.oxfordjournals.org/content/44/12/e113）和[测试数据集]（/test）。
先决条件
redundans使用多个程序（均在此存储库中提供）：
-[最后]（http://last.cbrc.jp/）v700+
-[bwa]（http://bio-bwa.sourceforge.net/）v0.7.12+
-[对齐器]（https://github.com/amplab/snap）
-[sspace3]（http://www.baseclear.com/genomics/bioinformatics/basetools/sspace）
-[gapcloser]（http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/gapcloser/）
-[pyscaf]（https://github.com/lpryszcz/pyscaf）
-[fastaindex]（https://github.com/lpryszcz/fastaindex）
安装应该简单到：
```
git clone--recursive https://github.com/lpryszcz/redundans.git
cd redundans
（cd bin/bwa&；make clean&；make）
（cd bin/last&；make clean&；make）
（cd bin/snap&；make clean&；make）
```
如果失败，请确保安装了以下依赖项：
-python 2.7或2.6
-perl[sspace3]
-make、gcc&g++[bwa&；最后]即'sudo apt get install make gcc g++`
-[zlib包括zlib.h头]（http://zlib.net/）[bwa]即'sudo apt get install zlib1g dev`
-可选用于绘制'numpy'和'matplotlib'即'sudo-h pip install-u matplotlib numpy`
以方便用户，我们提供[Unix安装程序]（Unix安装程序）和[Docker映像]（Docker映像），可以使用它们来代替手动安装。
Unix安装程序
Unix安装程序将自动获取、编译和配置冗余以及所有依赖项。
它应适用于所有现代Linux系统，给定Python2.7、常用程序（即wget、curl、g it、perl、gcc、g++，ldconfig）和库（zlib包括zlib.h）已安装。
`` bash
源代码<；（curl-ls http://bit.ly/redundans_安装程序）
```
###docker image
首先需要安装[docker]（https://www.docker.com/）：`wget-qo-https://get.docker.com/sh`
然后，您可以通过执行：
`` bash
`处理映像中的数据-所有数据将在结束时丢失
docker run-it-w/root/src/redundans lpryszcz/redundans./redundans.py-v-i test/{6005000}{1,2}.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1
处理本地文件，您需要使用-v
安装卷，确保您位于redundans repo目录（包含test/directory）
docker run-v`pwd`/test:/test:rw-it lpryszcz/redundans/root/src/redundans/redundans.py-v-i test/*.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1
```
docker映像非常重要方便，但有一定的局限性。
对我来说最烦人的是**缺少自动完成**，除非您以与上面示例完全相同的方式指定主机和容器中的路径。
此外，卷每次都需要装入，这会导致一些复杂的命令。< BR>[（https://images.microbadger.com/badges/version/lpryszcz/redundans.svg）]（https://hub.docker.com/r/lpryszcz/redundans/）
！[]（https://images.microbadger.com/badges/image/lpryszcz/redundans.svg）
\支持pacbio和nanopore
-和/或**参考染色体/contigs**（fasta）
*也接受gzip fastq/fasta文件。
冗余将在"scaffolds.filled.fa"（fasta）中返回**纯合基因组组装**。
此外，程序报告[每个管道步骤的统计数据]（/test摘要统计数据），包括移除的contig数量、gc含量、n50、n90和间隙区域的大小。
尽管您还应该指定一些序列库（fasta/fastq）或引用序列（fasta）以执行构建。
大多数管道参数都可以手动调整（默认值用方括号[]）：
**提示**：如果运行失败，可以尝试通过添加"--resume"参数来恢复。
-一般选项：
```
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-v，--详细详细
--版本显示程序的版本号并退出
-f fasta，--fasta fasta
程序集fasta文件
-o outdir，--outdir outdir
输出目录[冗余]
-t线程，--线程
要运行的线程数[4]
--恢复上一次运行
--将日志输出日志记录到[stderr]
````
-缩减选项：
`````
--标识最小值。标识[0.51]
--重叠最小值。重叠[0.66]
--最小长度最小长度
最小连续长度[200]
`````
-脚手架选项：
`````
-i fastq[fastq…]，--fastq fastq[fastq…]
fastq pe/mp文件
-j连接，--连接
连接到contigs的最小k对数[5]
-链接比率，--链接比率链接比率
两个最佳连接对之间的最大链接比率[0.7]
--读取的极限对齐子集[0.2]
对齐读取的子集[0.2]；这意味着将对齐0.2*基因组大小的读取；因此对于100MB基因组，冗余将处理每个库的20M读操作
-q mapq，--mapqmapq最小映射质量[10]
-iters iters每个库的scaffolding迭代[2]
-l[长读[长读…]]，--长读[长读[长读…]]
fastq/fasta长读文件
-r参考，--引用引用
reference fasta file
--norarrangements high identity mode（不允许重排）
`````
redundans是**非常灵活的**。可以使用`--noreduction`、`--noscaffolding`和/或`--nogapclosing`参数命令管道的所有步骤。
要运行测试示例，请执行：
``bash
./redundans.py-v-i test/*.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1
您可以尝试恢复它
rm test/run1/\u sspace.2.1.filled.fa
./redundans.py-v-i test/*.fq.gz-f test/contigs.fa-o test/run1--resume
````
注意，**库的顺序（`-i/--input`）并不重要**，只要每个库中的"read1"和"read2"相继给出
即"-i 600_1.fq.gz 600_2.fq.gz 5000_1.fq.gz 5000_2.fq.gz"将被解释为"-i 5000_1.fq.gz 5000_2.fq.gz 600_1.fq.gz 600_2.fq.gz"。
您可以使用**任何输入组合**成对端、配对对、长读和/或基于引用的脚手架，例如：
`` bash
reduction、成对端、配对对和长读的脚手架、成对端和配对对的间隙闭合
./redundans.py-v-i test/*.fq.gz-l test/pacbio.fq.gz test/nanopore.fa.gz-f试验/连续试验/运行短/长
两端成对读数
./redundans.py-v-i test/600？.fq.gz-r test/ref.f a-f test/contigs.fa-o test/run戋ref戋pe-closing--noscaffolding
````
有关详细信息，请参阅[测试目录]（/test）。
您可能还需要登录[我们的论坛]（https://groups.google.com/d/forum/redundans）。
纳尔[doi:10.1093/nar/gkw294]（http://nar.oxfordjournals.org/content/44/12/e113）
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