rna序列分析流水线
READemption的Python项目详细描述
关于
reademption是计算rna序列的一个管道。 数据。它最初是为处理drna seq读取而开发的(如 由Sharma等人介绍,自然,2010)来源于细菌 样品。同时被扩展到处理 不同的实验装置和生活的各个领域。这个 可通过命令行界面读取的功能 处理和校准、覆盖率计算、基因表达 量化、差异基因表达分析以及 形象化。为了快速建立和执行分析 reademption遵循“约定优于配置”的原则: 一旦输入文件被复制/链接到定义的文件夹中 必须给出参数。不过,reademption的行为可以是 通过参数适应用户的特定需求。
文档
文档可以在 here。
许可证
ICSL(互联网系统 联合体许可证~简化的BSD许可证)-请参见license.txt
开发
如果可能的话,遵循“约定优于配置”的原则。 这意味着输入文件被复制/链接到一个固定的位置,并且 结果文件被放置在固定的位置。
类应该尽可能不受路径限制。控制器 正在处理这个问题并充分地打电话给他们。
git分支模型与提出的模型非常接近 here。 有两个主要分支:
- 大师
- 开发(设备)
还有更多的支持分支:
- 功能分支-分支并返回到dev分支
- 释放分支-从dev分支并合并回dev 和大师
- 热修复分支-从master分支并合并回 开发人员和主控人员