python-nexus 1.63

读取关系

>>> import os
>>> EXAMPLE_DIR = os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'examples')
>>>
>>> from nexus import NexusReader
>>> n = NexusReader()
>>> n.read_file(os.path.join(EXAMPLE_DIR, 'example.nex'))
...
>>> n = NexusReader(os.path.join(EXAMPLE_DIR, 'example.nex'))
...

#显示在数据文件中找到的块 >>>>n.块 {'data'：<；nexusdatablock:4个分类单元中的2个字符>；}

数据块

>>> n.data.nchar
2

>>> n.data.ntaxa
4

>>> n.data.format
{'datatype': 'standard', 'symbols': '01', 'gap': '-'}

>>> n.data.matrix.keys()
['Simon', 'Louise', 'Betty', 'Harry']

>>> n.data.matrix['Simon']
['0', '1']

>>> sorted(n.data.taxa)
['Betty', 'Harry', 'Louise', 'Simon']

>>> sorted(n.data.matrix.keys())
['Betty', 'Harry', 'Louise', 'Simon']

>>> for taxon, characters in n.data: #doctest: +SKIP

树块

>>> n = NexusReader(os.path.join(EXAMPLE_DIR, 'example.trees'))
>>> n.trees.ntrees
3
>>> n.trees.trees[0][0:60]
'tree tree.0.1065.603220 = (((((((Chris:0.0668822155,Bruce:0.'

>>> for tree in n.trees: #doctest: +SKIP

编写nexus文件

>>> from nexus import NexusWriter
>>> n = NexusWriter()

添加要显示在文件头中的注释 >；gt；gt；n.添加注释（“我是注释”）

使用“add”函数添加数据- 它包含3个参数、一个分类单元、一个字符名和一个值

>>> n.add('taxon1', 'Character1', 'A')
>>> n.data
{'Character1': {'taxon1': 'A'}}
>>> n.add('taxon2', 'Character1', 'C')
>>> n.add('taxon3', 'Character1', 'A')

字符和值可以是字符串或整数 >；gt；gt；n.添加（'Taxon1'，2，1） >；gt；gt；n.add（'Taxon2'，2，2） >>>>不另加（'Taxon3'，2，3）

nexuswriter将插入缺少的条目（在本例中是taxon2） >；gt；gt；n.add（'taxon1'，'char3'，'4'） >；gt；gt；n.add（'taxon3'，'char3'，'4'）

…准备好后，可以使用make\nexus生成nexus 或将文件写入： n.make_nexus（交织=真，字符块=真） n.写入文件（filename=“output.nex”，interleave=true，charblock=true）