atlas-一个集合、注释和整合亚基因组和亚转录组数据的框架
pnnl-atlas的Python项目详细描述
阿特拉斯
文档
安装
所有依赖项都通过 conda使用 bioconda频道。这个 工作流和一些依赖项需要Python3。
预期用途需要conda。
在第一次执行 程序集或注释协议，并在以后执行 协议。
有关Bioconda的更多信息，请参见： https://bioconda.github.io/
作为一个新的环境
使用conda，执行：
conda create -n atlas -c bioconda python=3.6 \
snakemake bbmap=37.78 click ruamel.yaml
加载环境：
source activate atlas
安装atlas：
pip install -U pnnl-atlas
在相同的环境中
conda install -c bioconda python=3.6 \
snakemake bbmap=37.78 click ruamel.yaml
pip install -U pnnl-atlas
开始
安装后，需要下载所需的数据库和 创建示例配置文件。
数据库
下载数据库及其相应的元数据数据库：
atlas download -o ~/databases<>下载使用大约30 GB的磁盘空间。
配置文件
要创建配置文件，请运行：
atlas make-config --database-dir ~/databases \
config.yaml ~/directory_with_fastqs
将填充示例名称和文件路径以及默认设置 配置名称这个YAML文件可以是 使用任何文本编辑器更新。
示例名称应为a-z字符，可以用短划线（“-”）分隔。
有关完整文档，请参见：
装配
在编辑配置文件并调整任何其他 我们使用以下参数在示例中运行程序集：
atlas assemble config.yaml
默认情况下，这会将结果写入当前工作目录 在可用的CPU核心总数中。
许可证
BSD-3号。
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