plastid 0.4.8

简介

plastid是一个用于基因组分析的python库，特别是， 高通量测序数据——强调用户的简单性。它 乔舒亚·邓恩在Jonathan Weissman’s lab的UCSF写的，最初是为了 核糖体分析和rna序列数据。它的版本已经被使用 在一些出版物中。

plastid的目标受众包括计算型和传统型 生物学家，软件开发人员，甚至那些对测序还不熟悉的人 分析。根据BSD 3条款许可证发布。

此软件包提供：

1. A set of scripts that implement common sequencing analyses
2. A set of classes for exploratory data anlysis. These provide simple and consistent interfaces for manipulating genomic features, read alignments, and quantitative data; and readily interface with existing scientific tools, like the SciPy stack.
3. Script writing tools that make it easy to use the objects implemented in ^{tt2}$.
4. Extensive documentation, both in source code and at our home page on ReadtheDocs.

安装

plastid可以直接从pypi安装，但需要numpy、pysam， 先安装cython，即：

$ pip install numpy pysam cython
$ pip install plastid

如果您在运行时收到任何关于numpy版本已更改的警告，或者关于 pysam中缺少模块，或者某个对象大小不正确，请尝试 从原始cython代码重新生成包含的c源文件。到 执行以下操作：

$ pip install --upgrade  --install-option='--recythonize' plastid

链接和帮助

• Documentation
• Our github repo
• Subscribe to our mailing list by emailing ^{tt6}$ with the message subscribe plastidinfo firstname lastname and an empty subject line
• Test dataset, for development or validation of installations