小互补rna映射器
scram的Python项目详细描述
scram是一个轻量级的python包，用于将小rna读取与一个或多个参考序列对齐，并生成出版物质量的图像。
昆士兰大学
----
*安装：*
scram是用python 2.7编写的。用
``pip``安装scram及其依赖项：
``pip install scram``
，或者下载并提取tarball，然后运行：
``python setup.py install`
----
*输入文件格式：*
参考文件：仅限dna核苷酸（agct）-fasta格式
序列文件：折叠读取-仅限dna核苷酸（agct）-fasta格式
可以执行fastq读取到折叠fasta格式的后处理
使用“来自汉农实验室的fastx工具包”http://hannon lab.cshl.edu/fastx_toolkit/>；`。折叠读取是唯一的，并且在头中包含读取计数。
3-71446
tccaataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagca
``急停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停大小]-min_计数min_读取计数]-win平滑的win-u大小]-ylim-ylim-no-u显示]-split-pub-v```
-**den**：将单个srna类（例如21 nt）的读取从
单个序列文件对齐到单个引用序列（需要-s1和-nt
-**mnt3dm**：对齐21，22和24 nt从单个序列文件中读取
到单个引用序列（需要-s1）
-**cdp**：对单个srna类（例如21 nt）到
多个引用序列的对齐读取计数。两个序列文件的计数
绘制为每个引用的（x，y）坐标（-s1，-s2和-nt
必需）
-**-h**：帮助消息
-**-s1**：序列文件1
-**-s2**：序列文件2
-**-s3**：序列文件3
-**-s4**：序列文件4
-**-nt**：要分析的srna长度
-**-f**：图输出文件名（如果不是自动生成的话）
-**-p**：核心数（处理器）使用（默认值4）
每行（单个复制）或两个制表符分隔的文件文件路径（BR/>）每行（两个重复）
-**-MI\*Read **：用于标准化的SRNA读取的最小长度
（默认值为18）
-**MAX \读**：最大值：最大值用于标准化的SRNA读数＜BR/>（默认值为32）
-**-MIN×计数**：用于SRNA的最小读取计数和
用于标准化（默认值＝1）
-**WIN＊：DEN图平滑的窗口大小（默认值＝50）
-**YLIM＊：+/-Y轴限制在图
-**-NO.*显示**：不显示情节屏幕
-**-No.CSV**：不生成.CSV对齐文件
-**-SPL**:基于BR/>对齐号的分割CDP读取对齐计数
-**-PUB**：从发布的密度图中删除所有标签：BR/> -**V**：显示程序的版本号并退出
BR/> -BR/>< BR/> DEN示例：
BR/>/ref.fa-s1-seq1.fa-nt 24-win 30-f fig1.pdf````
>mnt3dm示例：
``scram mnt3dm ``抢夺mnt3dm ``抢夺mnt3.fa-s1-seq1.fa-win 20-ylim 110-f fig2.pdf```
>cdp ``scram cdp ``抢夺cdp ``
>
br/>（c）2016-斯蒂芬·弗莱彻。麻省理工学院许可证
昆士兰大学
----
*安装：*
scram是用python 2.7编写的。用
``pip``安装scram及其依赖项：
``pip install scram``
，或者下载并提取tarball，然后运行：
``python setup.py install`
----
*输入文件格式：*
参考文件：仅限dna核苷酸（agct）-fasta格式
序列文件：折叠读取-仅限dna核苷酸（agct）-fasta格式
可以执行fastq读取到折叠fasta格式的后处理
使用“来自汉农实验室的fastx工具包”http://hannon lab.cshl.edu/fastx_toolkit/>；`。折叠读取是唯一的，并且在头中包含读取计数。
3-71446
tccaataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagataagca
``急停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停停大小]-min_计数min_读取计数]-win平滑的win-u大小]-ylim-ylim-no-u显示]-split-pub-v```
-**den**：将单个srna类（例如21 nt）的读取从
单个序列文件对齐到单个引用序列（需要-s1和-nt
-**mnt3dm**：对齐21，22和24 nt从单个序列文件中读取
到单个引用序列（需要-s1）
-**cdp**：对单个srna类（例如21 nt）到
多个引用序列的对齐读取计数。两个序列文件的计数
绘制为每个引用的（x，y）坐标（-s1，-s2和-nt
必需）
-**-h**：帮助消息
-**-s1**：序列文件1
-**-s2**：序列文件2
-**-s3**：序列文件3
-**-s4**：序列文件4
-**-nt**：要分析的srna长度
-**-f**：图输出文件名（如果不是自动生成的话）
-**-p**：核心数（处理器）使用（默认值4）
每行（单个复制）或两个制表符分隔的文件文件路径（BR/>）每行（两个重复）
-**-MI\*Read **：用于标准化的SRNA读取的最小长度
（默认值为18）
-**MAX \读**：最大值：最大值用于标准化的SRNA读数＜BR/>（默认值为32）
-**-MIN×计数**：用于SRNA的最小读取计数和
用于标准化（默认值＝1）
-**WIN＊：DEN图平滑的窗口大小（默认值＝50）
-**YLIM＊：+/-Y轴限制在图
-**-NO.*显示**：不显示情节屏幕
-**-No.CSV**：不生成.CSV对齐文件
-**-SPL**:基于BR/>对齐号的分割CDP读取对齐计数
-**-PUB**：从发布的密度图中删除所有标签：BR/> -**V**：显示程序的版本号并退出
BR/> -BR/>< BR/> DEN示例：
BR/>/ref.fa-s1-seq1.fa-nt 24-win 30-f fig1.pdf````
>mnt3dm示例：
``scram mnt3dm ``抢夺mnt3dm ``抢夺mnt3.fa-s1-seq1.fa-win 20-ylim 110-f fig2.pdf```
>cdp ``scram cdp ``抢夺cdp ``
>
br/>（c）2016-斯蒂芬·弗莱彻。麻省理工学院许可证
欢迎加入QQ群-->： 979659372
