从(openstorage)复制到输出目录

pacscop的Python项目详细描述


https://badge.fury.io/py/pacscopy.svghttps://travis-ci.org/FNNDSC/pacscopy.svg?branch=masterhttps://img.shields.io/badge/python-3.5%2B-blue.svg

Abstract

pacscopy是一个简单的插件,它从开放存储复制数据以创建一个新的顶级chris提要。它的核心实用程序是演示如何为chris系统创建一个非常简单的fs插件/应用程序。

Synopsis

python pacscopy.py                                              \
    [-v <level>] [--verbosity <level>]                          \
    [-d <dir>] [--dir <dir>]                                    \
    [--version]                                                 \
    [--man]                                                     \
    [--meta]                                                    \
    <outputDir>

Run

这个plugin可以在两种模式下运行:以python包的形式运行,或者以容器化的docker映像的形式运行。

Using PyPI

要从pypi运行,只需执行a

pip install pacscopy

并使用

pacscopy.py --man /tmp /tmp

获取内联帮助。要从一个目录复制到另一个目录,只需执行

pacscopy.py --dir /some/input/directory /destination/directory

Using ^{tt1}$

要使用docker运行,请确保将“input”目录分配给/incoming,将输出目录分配给/outgoing确保$(pwd)/out目录是全局可写的!

现在,在所有通话前加上

docker run --rm -v $(pwd)/out:/outgoing                             \
        fnndsc/pl-pacscopy pacscopy.py                              \

因此,获得内联帮助是:

docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing      \
        fnndsc/pl-pacscopy pacscopy.py                              \
        --man                                                       \
        /outgoing

Examples

将目录dataset/MPRAGE复制到输出目录。如果从chris调用,输入目录规范将引用openstorage中的一个位置,否则将被解释为系统目录规范。

mkdir out
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing      \
        fnndsc/pl-pacscopy pacscopy.py                              \
        --dir dataset/MPRAGE                                        \
        /outgoing

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