从(openstorage)复制到输出目录
pacscop的Python项目详细描述
Abstract
pacscopy是一个简单的插件,它从开放存储复制数据以创建一个新的顶级chris提要。它的核心实用程序是演示如何为chris系统创建一个非常简单的fs插件/应用程序。
Synopsis
python pacscopy.py \ [-v <level>] [--verbosity <level>] \ [-d <dir>] [--dir <dir>] \ [--version] \ [--man] \ [--meta] \ <outputDir>
Run
这个plugin可以在两种模式下运行:以python包的形式运行,或者以容器化的docker映像的形式运行。
Using PyPI
要从pypi运行,只需执行a
pip install pacscopy
并使用
pacscopy.py --man /tmp /tmp
获取内联帮助。要从一个目录复制到另一个目录,只需执行
pacscopy.py --dir /some/input/directory /destination/directory
Using ^{tt1}$
要使用docker运行,请确保将“input”目录分配给/incoming,将输出目录分配给/outgoing。确保$(pwd)/out目录是全局可写的!
现在,在所有通话前加上
docker run --rm -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-pacscopy pacscopy.py \
因此,获得内联帮助是:
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-pacscopy pacscopy.py \ --man \ /outgoing
Examples
将目录dataset/MPRAGE复制到输出目录。如果从chris调用,输入目录规范将引用openstorage中的一个位置,否则将被解释为系统目录规范。
mkdir out docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \ fnndsc/pl-pacscopy pacscopy.py \ --dir dataset/MPRAGE \ /outgoing