oldowan.fasta 1.0.4

安装说明

这个包是纯Python的，没有标准之外的依赖项 图书馆。最简单的安装方法是使用 setuptools包。通常是这样的：

$ easy_install oldowan.fasta

或者在类unix系统上，假设您正在安装到主Python site-packages目录作为非特权用户，这：

$ sudo easy_install oldowan.fasta

您还可以使用标准的python distutils设置方法下载 从文件列表到本页底部的当前源存档， 把它拆开，然后安装在MacOSX和许多其他类似unix的系统上 下载了存档并更改为包含此存档的目录 你的壳，可能是这样的：

$ tar xvzf oldowan.fasta*
$ cd oldowan.fasta*
$ python setup.py install

快速启动

fasta有一个基于标准pythonfile的接口。进口 奥多万·法斯塔：

>>> from oldowan.fasta import fasta

读取fasta格式文件：

>>> for entry in fasta('sequences.fasta', 'r'):
...     print entry['name'], len(entry['sequence'])

执行上述操作的更繁琐但等效的方法：

>>> fasta_file = fasta('sequences.fasta', 'r')
>>> for entry in fasta_file:
...     print entry['name'], len(entry['sequence'])
>>> fasta_file.close()

更麻烦的是，如果FASTA文件很大，可能 内存耗尽版本（前两个方法一次只读取一个条目 从文件中，这会立即将整个文件读入内存：

>>> fasta_file = fasta('sequence.fasta', 'r')
>>> entries = fasta_file.readentries()
>>> fasta_file.close()
>>> for entry in entries:
...     print entry['name'], len(entry['sequence'])

读取FASTA格式序列的字符串：

>>> fasta_string = open('sequences.fasta', 'r').read()
>>> for entry in fasta(fasta_string, 's'):
...     print entry['name'], len(entry['sequence'])

读取文件对象：

>>> fasta_file = open('sequences.fasta', 'r')
>>> for entry in fasta(fasta_file, 'f'):
...     print entry['name'], len(entry['sequence'])

写入文件：

>>> fasta_file = open('sequences.fasta', 'w')
>>> fasta_file.write({'name':'Sequence1', 'sequence':'AGCTAGCT'})
>>> fasta_file.close()

发布历史记录

1.0.0（2008年8月16日）

模块的初始版本。

1.0.1（2009年3月25日）

错误修复更新

1.0.2（2009年3月26日）

更新版本信息

1.0.4（2015年8月4日）

这次实际修复了版本加载问题