cuda加速python实用程序,用于高吞吐量pet/mr图像处理和分析。
nimpa的Python项目详细描述
nimpa是一个由{a2}组成的独立python子包,致力于对大脑图像,特别是那些使用正电子发射断层扫描(pet)和磁共振(mr)获得的图像进行高通量处理和分析。尽管nimpa是无缝pet图像重建的{a2}包的重要组成部分,但它同样非常适合独立的图像处理,包括图像修剪、上采样和部分体积校正(pvc)。
当使用全身pet扫描仪时,为了减少大脑成像中未使用的图像体素,只使用部分视野(fov)。
为了使用感兴趣区域(roi)更精确地提取(采样)pet数据,需要进行上采样,该感兴趣区域是通过对相应的t1w-mr图像(通常具有更高的图像分辨率)进行分段而获得的。
需要PVC来校正来自定义的ROI(特定于任何给定应用)的PET信号的漏入和漏出。
为了方便这些操作,nimpa依赖第三方软件从dicom到nifti(dcm2niix)的图像转换和图像注册(niftyreg)。附加软件将自动安装到用户指定的位置。
包含安装手册和教程的文档:https://niftypet.readthedocs.io/
作者:pawel j.markiewicz@university college london
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