ngslib 1.1.20

要求

• numpy科学计算
• pysam（>；0.8.2）sam/bam文件操作
• argparse（如果使用python2.6，则必需）

测试时间

• Python 2.6.*（64位）
• Python 2.7.*（64位）
• CentOS 6.4
• Fedora 17
• RedHat 5.5
• Ubuntu 12.04（需要python-dev和libpng-dev）

安装

来自PYPI:

>>> pip install ngslib

or

>>> easy_install ngslib

来源：

>>> easy_install --editable  --build-directory . ngslib
>>> cd ngslib
>>> python setup.py install

主要模块

• io：读取各种生物数据
• db：为快速查询的基因组数据构建数据库。
• pipeline：使用常用工具的包装器构建的管道。
• bed：基因组坐标数据格式。
• bed list：床实例列表。
• twobitfile：用于从2bit文件检索fasta序列的python模块。
• bigwig file：用于从bigwig文件检索wiggle区域的python模块。
• mfile：输入类型的统一接口，包括常规文件、sys.stdin/stdout和stringfile。

用法

>>> import ngslib
>>> for tbed in ngslib.IO.BioReader('test.bed','bed'):
        print tbed

>>> bwf = ngslib.DB('test.bw','bigwig')
>>> for wig in bwf.fetch('chr1',1000,2000):
        print wig
>>> depth = bwf.pileup('chr1',3000,4000)
>>> bwf.close()

许可证

此程序在GPLv3许可下发布，有关详细信息，请参阅LICENSE。