淋病奈瑟菌多重抗原序列分型
ngmaster的Python项目详细描述
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/mdu-phl/ngmaster.svg？branch=master）（https://travis ci.org/mdu-phl/ngmaster）
[！[许可证：gplv2]（https://img.shields.io/badge/license-gpl_2.0-blue.svg）]（https://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0）
！[Python 3.6]（https://img.shields.io/badge/language-python轱3.6-steelblue.svg）
<
````
%ngmaster.py gono.fa
id ng-mast-por-tbpb-br/>gono.fa 10699 6277 4
`````
` `
` ` ` ` `
` ` ` ` ` ` ` ` `
<
*[python>；=3.6]（https://www.python.org/）
*[biopython（http://biopython.org/）
<>>>
*[ispcr>；是的= v33x2](http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/src/) by Jim Kent
## Installation
### PiPy
```
pip3 install ngmaster
```
### Brew
```
brew install brewsci/bio/ngmaster # COMING SOON
```
### Conda
```
conda install -c bioconda -c conda-forge ngmaster # COMING SOON
```
## test
安装后，您可以运行以下命令以确保"ngmaster"成功工作：
$ngmaster--test
如果一切正常，您将看到以下命令：
````
在测试示例（ng-mast 10699）上运行ngmaster.py……
$ngmaster.py test/test.fa
id ng-mast por tbpb
test.fa 106996277 4
…测试成功。
```
<；fastan>；
Howden BP和Seemann T.
NGMASTER：淋病奈瑟菌多抗原序列分型
Github:https://github.com/mdu-phl/NGMASTER
位置参数：
FastA输入FastA文件，如FastA1、FastA2、FastA3……fastan
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
--db db指定包含等位基因数据库的自定义目录
目录必须包含数据库文件"por.tfa"，"tbpb.tfa"，和"ng_mast.txt"
--csv输出逗号分隔格式（csv），而不是制表符分隔格式
--printseq文件指定保存等位基因序列的文件名（默认值为off）
--updatedb update等位基因数据库来自<；www.ng-mast.net>；
--测试运行测试示例
--版本显示程序的版本号并退出
<；fastan>；`
ng-mast结果和等位基因数以制表符分隔格式打印到"stdout"。
*如果找不到等位基因（即无法用引物定位），等位基因结果为"`–`"。
*如果找到等位基因（即用引物定位），但包含序列所需的起始关键基序的保守区域无法定位剪裁，等位基因结果为"无密钥"。
*如果找到等位基因（即用引物定位），但剪裁的序列是新的，而不是在当前数据库中，等位基因结果为"新的"。
**若要将结果保存到制表符分隔的文本文件，请重定向"stdout"：**
`$ngmaster<；fasta1>；<；fasta2>；<；快速3>；…<；fastan>；>；results.txt`
**若要以逗号分隔格式显示结果，请使用"--csv"选项：**
`$ngmaster--csv<；fasta1>；<；fasta2>；<；fasta3>；。<；fastan>；`
**将等位基因序列保存到文件中（例如，将"新"序列上载到[http://www.ng-mast.net]（http://www.ng-mast.net/））：**
`$ngmaster--printseq[filename]<；fasta1>；<；fasta2>；<；fastA3>；…<；fastan>；`
为了以防万一，会保存旧数据库的，但会被后面的每个``--update db````覆盖。
**将等位基因数据库更新到不同的文件夹（即，不是ngmaster目录中的/db文件夹）：**
$ngmaster.py--updatedb--db path/to/folder
将数据库文件下载到文件夹``path/to/folder````.
然后在运行ngmaster时使用```--db path/to/folder``选项指定此选项。
创建自定义数据库文件：`por.tfa`，`tbpb.tfa`，`ng_mast.txt`
有关示例，请参见默认的'db'目录。
"por.tfa"和"tbpb.tfa"包含fasta格式的相应等位基因序列。
`ng_mast.txt`包含ng-mast类型和相应等位基因类型的列表。
2.将自定义数据库文件放在文件夹中。
3.指定自定义数据库文件夹的路径：
`$ngmaster--db[/path/to/custom/folder/]<；fasta1>；<；fasta2>；<；fasta3>；。<；fastan>；`
（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28348871）
doi:[10.1099/mgen.0.000076]（https://doi.org/10.1099/mgen.0.000076）
\bugs
\software
请通过[github issues page]提交（https://github.com/mdu-phl/ngmaster/issues）。
有关ng-mast数据库的
问题，请联系[ng-mast
馆长]（邮箱：d.aanensen@imperial.ac.uk）。
传染病杂志，2004年4月15日；189（8）：1497-1505.
*另见[http://www.www.ng-mast-mast.net（http://www.www.ng-mast.net/）.
<
递增版本时（即，小补丁），运行以下命令：
```
bumpversion--verbose--dry run--new version<；major.minor.patch>；patch
bumpversion--new version<；new.version.number>；patch
```
y提交并用新版本号标记提交。
它还将更新文件中的必要位置。
[！[许可证：gplv2]（https://img.shields.io/badge/license-gpl_2.0-blue.svg）]（https://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0）
！[Python 3.6]（https://img.shields.io/badge/language-python轱3.6-steelblue.svg）
<
````
%ngmaster.py gono.fa
id ng-mast-por-tbpb-br/>gono.fa 10699 6277 4
`````
` `
` ` ` ` `
` ` ` ` ` ` ` ` `
<
*[python>；=3.6]（https://www.python.org/）
*[biopython（http://biopython.org/）
<>>>
*[ispcr>；是的= v33x2](http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/src/) by Jim Kent
## Installation
### PiPy
```
pip3 install ngmaster
```
### Brew
```
brew install brewsci/bio/ngmaster # COMING SOON
```
### Conda
```
conda install -c bioconda -c conda-forge ngmaster # COMING SOON
```
## test
安装后，您可以运行以下命令以确保"ngmaster"成功工作：
$ngmaster--test
如果一切正常，您将看到以下命令：
````
在测试示例（ng-mast 10699）上运行ngmaster.py……
$ngmaster.py test/test.fa
id ng-mast por tbpb
test.fa 106996277 4
…测试成功。
```
<；fastan>；
Howden BP和Seemann T.
NGMASTER：淋病奈瑟菌多抗原序列分型
Github:https://github.com/mdu-phl/NGMASTER
位置参数：
FastA输入FastA文件，如FastA1、FastA2、FastA3……fastan
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
--db db指定包含等位基因数据库的自定义目录
目录必须包含数据库文件"por.tfa"，"tbpb.tfa"，和"ng_mast.txt"
--csv输出逗号分隔格式（csv），而不是制表符分隔格式
--printseq文件指定保存等位基因序列的文件名（默认值为off）
--updatedb update等位基因数据库来自<；www.ng-mast.net>；
--测试运行测试示例
--版本显示程序的版本号并退出
<；fastan>；`
ng-mast结果和等位基因数以制表符分隔格式打印到"stdout"。
*如果找不到等位基因（即无法用引物定位），等位基因结果为"`–`"。
*如果找到等位基因（即用引物定位），但包含序列所需的起始关键基序的保守区域无法定位剪裁，等位基因结果为"无密钥"。
*如果找到等位基因（即用引物定位），但剪裁的序列是新的，而不是在当前数据库中，等位基因结果为"新的"。
**若要将结果保存到制表符分隔的文本文件，请重定向"stdout"：**
`$ngmaster<；fasta1>；<；fasta2>；<；快速3>；…<；fastan>；>；results.txt`
**若要以逗号分隔格式显示结果，请使用"--csv"选项：**
`$ngmaster--csv<；fasta1>；<；fasta2>；<；fasta3>；。<；fastan>；`
**将等位基因序列保存到文件中（例如，将"新"序列上载到[http://www.ng-mast.net]（http://www.ng-mast.net/））：**
`$ngmaster--printseq[filename]<；fasta1>；<；fasta2>；<；fastA3>；…<；fastan>；`
为了以防万一，会保存旧数据库的，但会被后面的每个``--update db````覆盖。
**将等位基因数据库更新到不同的文件夹（即，不是ngmaster目录中的/db文件夹）：**
$ngmaster.py--updatedb--db path/to/folder
将数据库文件下载到文件夹``path/to/folder````.
然后在运行ngmaster时使用```--db path/to/folder``选项指定此选项。
创建自定义数据库文件：`por.tfa`，`tbpb.tfa`，`ng_mast.txt`
有关示例，请参见默认的'db'目录。
"por.tfa"和"tbpb.tfa"包含fasta格式的相应等位基因序列。
`ng_mast.txt`包含ng-mast类型和相应等位基因类型的列表。
2.将自定义数据库文件放在文件夹中。
3.指定自定义数据库文件夹的路径：
`$ngmaster--db[/path/to/custom/folder/]<；fasta1>；<；fasta2>；<；fasta3>；。<；fastan>；`
（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28348871）
doi:[10.1099/mgen.0.000076]（https://doi.org/10.1099/mgen.0.000076）
\bugs
\software
请通过[github issues page]提交（https://github.com/mdu-phl/ngmaster/issues）。
有关ng-mast数据库的
问题，请联系[ng-mast
馆长]（邮箱：d.aanensen@imperial.ac.uk）。
传染病杂志，2004年4月15日；189（8）：1497-1505.
*另见[http://www.www.ng-mast-mast.net（http://www.www.ng-mast.net/）.
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递增版本时（即，小补丁），运行以下命令：
```
bumpversion--verbose--dry run--new version<；major.minor.patch>；patch
bumpversion--new version<；new.version.number>；patch
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y提交并用新版本号标记提交。
它还将更新文件中的必要位置。
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