用于细胞类型标记鉴定的单细胞基因表达谱特征提取方法。
MICT的Python项目详细描述
细胞类型鉴定的MICTI标记基因鉴定
单细胞基因表达谱技术的最新进展彻底改变了对发育细胞和组织分化的分子过程的理解，使人们能够发现表征发育轨迹的新细胞类型和分子标记识别标记基因的常用方法是基于异质细胞群体中细胞类型间差异基因表达的成对统计检验，这是一种挑战性的方法，因为不同的样本量和组间的差异导致统计能力很小和I型错误膨胀。
概述
我们开发了另一种特征提取方法，marker-gene-identification for cell-type-identity（micti）将细胞类型特异性表达信息编码到每个细胞中的每个基因。这种方法识别异质细胞群体中特定细胞类型的特征（基因）。
安装
要安装当前版本：
pip install MICTI
如何使用micti
导入micti:
from MICTI import MARKER
为已知单元类型的群集标签创建MICTI对象：
mictiObject=MARKER.MICTI(datamatrix, geneName, cellName, cluster_assignment=cell_type, k=None, th=0, ensembel=False, organisum="hsapiens")
使用TSNE进行二维可视化：
mictiObject.get_Visualization(dim=2, method="tsne")
获取micti标记基因：
cluster_1_markers=mictiObject.get_markers_by_Pvalues_and_Zscore(1, threshold_pvalue=.01,threshold_z_score=0)
标记热图图：
mictiObject.heatMap()
标记雷达图：
mictiObject.get_Radar_plot()
各细胞类型簇中细胞类型标记基因的基因本体富集分析
enrechment_table=mictiObject.get_gene_list_over_representation_analysis(list(cluster_1_markers.index))
enrechment_table #gene-list enrichment analysis result for the cell-type marker genes for cluster-1
许可证
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