Python 单细胞_专题 - Python中文网

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关于单细胞相关联的Python项目和问题：

非方输入矩阵在卷积自编码中的应用

有没有可能用非方（矩形）输入矩阵来训练卷积自动编码器（CAE）？我在CAE上学习的所有教程和资源似乎都使用了正方形图像。我处理的数据不是图像。我有几百个单细胞，每个细胞都有一个矩阵（基因组数据），有成 ...

2024-04-27 已阅读: n次

Fedora 20上的SciPy包：ImportError:无法导入名称anderson\u ksamp

我正在尝试运行一个名为D3E的Python包，用于单细胞差异基因表达。我在Fedora20上安装了Python2.7.5。我刚用instructions here安装了SciPy包： sudo yum ...

2024-04-27 已阅读: n次

Python OpenPyXL，为Rang赋值

我正在使用Python和openpyxl来处理Excel电子表格，并希望将一个值赋给工作表上的一个命名区域（单个单元格的）。语法是什么？例如，如果表是“Dog”，单细胞范围是“Dog\u name？” ...

2024-04-27 已阅读: n次

如何在另一个观察的基础上为稀疏添加观察类别？

我有一个串联的单细胞RNA序列anndata obs:‘年龄’、‘EPNsubtype’、‘区域’、‘亚类’、‘分类组’、‘组织’、‘批次’、‘表型’、‘样本’、‘亚型’、‘治疗’、‘n_基因’、‘有 ...

2024-04-27 已阅读: n次

如何在计算集群上处理大数据

我有一个150GB的CSV文件（单细胞RNA序列，110万行，31000列，除一列外所有列都是16位浮点），我需要使用它，所以我必须将它全部加载到RAM中。我可以访问计算机集群。我应该专注于增加内核的 ...

2024-04-27 已阅读: n次

从元数据+值创建xarray数据集的简单方法？

我正在研究单细胞RNA测序数据，最近的数据是10k-100k个样本（cells）x 20k特征（genes）的稀疏值，还包括很多元数据，例如起源的组织（“大脑”与“肝脏”）。元数据是~10-100列， ...

2024-04-27 已阅读: n次

PySCUBA

pyscuba代表“python for single cell clustering using bi叉分析”。 pyscuba是一种新的提取谱系的计算方法单细胞基因组学数据的关系和动力学建模 ...

2024-04-27 已阅读: n次

scTDA

面向对象的高吞吐量单细胞rna序列数据拓扑分析python库此包Python名称：scTDA 目前版本： scTDA 0.97 最 ...

2024-04-27 已阅读: n次

faastm

基于FAAS的STM 这是一个小库，尝试执行stm来更新存储的对象存储系统中的状态。它还与slack api交互。整个过程都是通过保存外部效果来完成的，直到 stm commit传递；此时，外部 ...

2024-04-27 已阅读: n次

mnnp

用互最近邻法校正单细胞表达数据集中的批效应。 ...

2024-04-27 已阅读: n次

lonnberg_svensson2017

见{a1} ...

2024-04-27 已阅读: n次

Cell-BLAST

单元格爆炸 cell blast是一个用于单细胞转录组学数据的细胞查询工具。对于每个查询单元格，它在引用数据库中搜索最相似的单元格。然后可以将引用单元格中的批注（例如单元格类型）传输到查询中基于 ...

2024-04-27 已阅读: n次

Thestral

一个简单的单细胞rna序列分析管道。 ### 为Qulab USTC。 ### http://qulab.ustc.edu.cn/index.html ...

2024-04-27 已阅读: n次

scgen

scgen 简介 scgen的tensorflow实现。scgen是一个生成模型，用于预测跨细胞类型、研究和物种的单细胞扰动响应。 (Nature Methods, 2019)。开始 ...

2024-04-27 已阅读: n次

scvelo

scvelo-随机单细胞rna速度 scvelo是一个可扩展的工具包，用于估计和分析单个细胞中的随机rna速度。 rna速度的概念 ...

2024-04-27 已阅读: n次

episcanp

episcanpy–python中的表观基因组学单细胞分析 episcanpy是一个分析单细胞开放染色质（scatac seq）和单细胞dna甲基化（例如scbs seq）数据的工具包。episc ...

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Orange3-SingleCell

[orange3]（http://orange.biolab.si）的单单元格加载项添加了分析单单元格数据的功能。安装要安装附加组件，请运行 pip install . 用橙色注册此加载项，但 ...

2024-04-27 已阅读: n次

liulab-elisa

分析单细胞elisa图像栈。此包Python名称：liulab-elisa 目前版本： liulab-elisa 17.0.0.dev0 ...

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scrublet

scrublet s单个-cellr删除doublets 用于识别单细胞rna序列数据中双链的python代码。有关该方法的详细信息和验证，请参阅Cell Systems中的文章或bioRxiv上的预 ...

2024-04-27 已阅读: n次

picturedrocks

picturedrocks单单元分析工具 picturedrocks是一个实现信息论特征选择算法的python包。用法要安装最新版本的github picturedrocks，请执行pictu ...

2024-04-27 已阅读: n次

scanp

scanpy–python中的单单元分析 scanpy是一个分析单细胞基因表达数据的可扩展工具包。它包括预处理、可视化、聚类、伪时间和轨迹推理和微分表达式测试。基于python的实现有效处理 ...

2024-04-27 已阅读: n次

pySpacell

Pyspacell 用于单细胞空间图像分析的python包。用法示例示例数据位于data/中，示例脚本位于example/ ...

2024-04-27 已阅读: n次

lts_workflows_sm_scrnaseq

LTS工作流单细胞rna测序蛇毒工作流程功能待办事项学分这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。 ...

2024-04-27 已阅读: n次

cassiopeia-lineage

这是一个软件套件，用于处理来自单细胞血统跟踪实验的数据。这套套房配有三个主要模块：目标站点排序管道：从沿袭跟踪实验生成的原始fastq中提取沿袭信息的管道。系统发育重建：构建系统发育的工具集合。 ...

2024-04-27 已阅读: n次

diffxp

| PYPI文件。| PYPI图像：https://img.shields.io/pypi/v/diffxpy.svg ：目标：https://pypi.org/project/diffxpy …… ...

2024-04-27 已阅读: n次

i-impute

i-输入：输入单细胞rna测序数据的连贯策略 i-impute是一种连贯的方法来输入scrna序列数据。i-impute利用连续的相似性和丢失概率，并迭代地优化数据，使最终输出自一致。i-插补具有较强 ...

2024-04-27 已阅读: n次

Python 单细胞

关于单细胞 相关联的Python项目和问题：

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