基因组规模代谢模型测试套件
memote的Python项目详细描述
我们推广这一工具的目标是实现代谢的两大转变 模型构建社区：
- 应该对模型进行版本控制，以便可以跟踪更改，如果 必要的回复。理想情况下，它们应该可以通过公众 像Github这样的存储库可以让其他研究人员检查， 分享，并为模型做出贡献。
- 为了社区的利益和研究的利益，模型应该 达到一定的标准和最小的功能。
因此，备忘录工具执行四个子功能：
- 为模型创建一个骨架git存储库。
- 通过test suite that represents the community standard运行当前模型。
- 生成一个信息报告，详细说明 视觉上吸引人的方式。
- （Re-）计算现有版本控制历史的测试统计 代谢模型。
为了使这个过程尽可能简单，生成的存储库 可以很容易地与持续集成测试供应商集成，如 travis ci，这意味着每当您将模型更改推送到github时，测试 套件将自动运行，并提供一个报告供您查看 在via github页面上查找您的存储库。
安装
在安装备忘录之前，请确保已正确安装 最新版本的git。
此外，我们强烈建议为您的模型创建python virtualenv 测试目的。
要安装备忘录，请在终端中运行此命令：
$ pip install memote
这是安装memote的首选方法，因为它将始终安装 最近的稳定版本。
联系人
有关评论和问题，请通过
- 我们的gitter chatroom
- 或者我们的mailing list。
你对这个项目感到兴奋吗？考虑通过添加新的 测试，报告或修复错误，通常帮助我们做得更好 每个人的软件。
版权所有
- 版权所有（c）2017，诺和诺德生物可持续性基金会中心， 丹麦技术大学。
- 自由软件：Apache Software License 2.0
学分
这个包是用Cookiecutter和 audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板。
memote依赖于命令行界面的click，单元的pytest 模型测试，gitpython用于与git存储库交互， pandas用于表格数据结构和数据输入，jinja2用于交互 使用html模板，cobrapy分析基因组规模的代谢 模型，python_libsbml用于读写系统生物标记 用于处理yaml生成的语言（SBML）、ruamel、travispy和 travis-encrypt用于与travis ci交互，pygithub用于访问 Github API，sympy用于矩阵计算，sqlalchemy用于管理 historyresults，numpydoc用于使用 sphinx，pylru用于缓存，goodtables用于验证表格数据， depinfo用于漂亮地打印依赖项，six和future用于向后打印 和前向兼容性。
Memote Report应用程序用户界面是用Angular 5， Angular Flex-Layout和Angular Material。我们依靠Vega来策划 结果。
《备忘录》的初步开发已从以下机构获得资金：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
