芯片序列数据集定量比较的稳健模型。
MAnorm的Python项目详细描述
简介
芯片seq被广泛用于描述 转录因子和其他染色质相关蛋白。尽管 芯片序列数据集的比较是理解单元的关键 类型依赖性和细胞状态特异性结合，从而研究 细胞特异性基因调控，很少有定量的方法 发达的。
这里，我们提出了一种简单有效的定量方法，manorm。 描述转录因子结合的chip-seq数据集的比较 位点和表观遗传修饰。定量结合差异 根据manorm推断，这与 靶基因表达与细胞类型特异性结合 监管机构。
文档
要查看manorm的完整文档，请参阅：http://manorm.readthedocs.io/en/latest/
安装
最新版本的manorm可在 PyPI：
$ pip install manorm
或者您可以通过conda安装manorm:
$ conda install -c bioconda manorm
manorm使用setuptools从源代码进行安装。 manorm的源代码托管在github上：https://github.com/shao-lab/MAnorm
您可以克隆repo并在源目录下执行以下命令：
$ python setup.py install
用法
$ manorm --p1 sample1_peaks.bed --p2 sample2_peaks.bed --r1 sample1_reads.bed --r2 sample2_reads.bed -o sample1_vs_sample2
注意：使用-h/–帮助获取所有参数的详细信息。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
