自动电子衍射数据采集的Python程序
instamatic的Python项目详细描述
不稳定
Instamatic是一个Python程序，其目的是自动收集电子衍射数据。其核心是一个用于透射电子显微镜实验控制的Python库，它绑定了JEOL/FEI显微镜和gatan/timepix/tvips摄像机的接口。已经实现了收集串行电子衍射（串行）、连续旋转电子衍射（cRED）和逐步旋转电子衍射（RED）数据的例程。在
Instamatic是作为一个可移植的独立安装分发的，它包括来自：https://github.com/stefsmeets/instamatic/releases的所有所需库。但是，最新版本的代码（包括bug！）可从此存储库获取。在
支持的电子显微镜：
- TEMCOM图书馆的JEOL显微镜
- FEI显微镜通过脚本接口
支持的摄像头：
- ASI Timepix（包括实时查看GUI）
- 通过DM插件[1]的Gatan摄像头
- 通过EMMENU4 API TVIPS摄像头
Instamatic已经在带有Timepix摄像头的JEOL-2100上进行了广泛测试，目前正在开发带有TVIPS摄像头的JEOL-1400和JEOL-3200（XF416/F416）。在
[1]：可以在dmscript上找到用于在OneView相机（或任何其他Gatan相机）上收集cRED数据的数字显微图像脚本。在
安装
pip install instamatic
或者，下载包含所有库/依赖项的可移植安装：https://github.com/stefsmeets/instamatic/releases/latest。解压缩存档文件，然后双击start_Cmder.exe打开一个终端。在
文件
有关如何设置和使用Instamatic，请参阅the documentation。在
- TEMController
- Config
- Reading and writing image data
- Setting up instamatic
- Programs included
- GUI and Module system
- TVIPS module
使用pydoc访问完整的API引用：pydoc -b instamatic
参考文献
如果您发现Instamatic有用，请考虑引用它或下面的参考文献之一。在
每个软件版本都归档在Zenodo上，这为项目和每个版本提供了一个DOI。项目DOI 10.5281/zenodo.1090388将始终解析为最新的归档文件，其中包含引用该版本所需的所有信息。在
或者，在Instamatic中实现的一些方法描述如下：
- 在
王国平，邹X，史密特，Automated serial rotation electron diffraction combined with cluster analysis: an efficient multi-crystal workflow for structure determination，IUCrJ（2019）。6854-867号
在 - 在
王先生，Development of rotation electron diffraction as a fully automated and accurate method for structure determination。斯德哥尔摩大学材料与环境化学系（MMK）博士论文（2019年）
在 - 在
西霍卡先生，金斯特伦先生，王先生，邹先生，史密特先生，High-throughput continuous rotation electron diffraction data acquisition via software automation，J.Appl。克里斯特。（2018年）。511652-1661年
在 - 在
S.Smeets，X.Zou，W.Wan，Serial electron crystallography for structure determination and phase analysis of nanocrystalline materials，J.Appl。克里斯特。（2018年）。511262-1273年
在
源代码结构
demos/-Jupyter演示笔记本docs/-文档instamatic/- ^{str>{str}交互作用代码
calibrate/-校准工具camera/-相机交互代码config/-配置管理experiments/特定的数据收集例程formats/-图像格式和其他IOgui/-GUI代码- ^{str1}$
neural_network/-晶体质量预测 processing/-数据处理工具server/-管理进程间/网络通信utils/有用的实用程序acquire_at_items.py-舞台移动/数据采集引擎admin.py-检查管理员banner.py——这是一条非常烦人的感谢短信browser.py-蒙太奇浏览课exceptions.py-内部异常goniotool.py-goniool（JEOL）交互代码gridmontage.py-网格蒙太奇数据收集代码- ^{27{str>{1}转换例程
imreg.py-图像注册（互相关）io.py—一些与io相关的脚本main.py-主入口点montage.py-图像拼接navigation.py-优化导航路径tools.py-代码中使用的函数集合
scripts/有用的脚本pyproject.toml-依赖关系/构建系统声明（poetry）setup.py-旧式构建脚本
- 项目
标签：
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