与igv的python接口，简化了创建bam、vcf、床等的屏幕截图，以进行一次性抽查或自动/脚本化的图像收集
igv_plotter的Python项目详细描述
概述
与igv的python接口-灵感来自最初由@tmfromer编写的igv_绘图仪工具。
它包括以下可执行文件：
igv从命令行启动igv，并可选地使其加载一些文件并跳转到某个轨迹。igv_plotter在一个或多个位点自动拍摄一个或多个数据文件的igv屏幕截图。igvweb_viewer允许使用igv.js在web浏览器中查看bam、vcf和/或bed文件轨迹。
安装
- 要为所有用户安装，请运行：
pip install igv_plotter - 要在主目录中安装（例如，如果您没有为所有用户安装的权限），请将~/.local/bin添加到您的路径并运行：
pip install igv_plotter --user
运行
要查看所有命令行选项，可以执行以下操作：
igvweb_viewer -h
igv_plotter -h
igv -h
igvweb_查看器脚本-用法示例：
这将启动一个Web服务器，用于在2个位置查看3个文件：
igvweb_viewer my_file1.vcf my_file2.bam my_file3.bed 1:12345 chrX:12345
启动此脚本后，将Web浏览器打开到127.0.0.1:8000以进行交互式 这些文件的基于浏览器的IGV视图。
igv_绘图仪脚本-用法示例：
这将加载3个文件，并拍摄2个快照：
igv_plotter my_file1.vcf my_file2.bam my_file3.bed 1:12345 chrX:12345
igv脚本-用法示例：
这将启动IGV，并在轨迹1:12345加载2个文件：
igv my_file1.vcf my_file3.bed 1:12345
配置
可以创建一个~/.igv_plotter配置文件，并使用以下命令行分别设置任何igv_plotter或igv命令行选项：
<command line option (without --)> = <value>
贡献
感谢问题报告和拉取请求。
可以使用以下命令运行单元测试：
python setup.py test
此代码是在麻省理工学院许可下开放源码的。
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