python基因组的特点是从原始文件中提取。
gfeat的Python项目详细描述
gfeat
python genomic提供了来自原始文件（fasta、gtf和vcf）的提取器。
gfeat是提取不同dna特征用于基因组建模和分析的便捷工具。它允许得到， 例如，转录子kozak序列和gc含量、基因组密码子对偏差等，也可以注入 使用vcf文件的snp，获取位置类型变量矩阵并研究不同组合的序列 杂合子变异的（当纯合子始终保持在序列中注入时）。
您可以在文档的教程部分找到几个简短的用法示例。
- 自由软件：麻省理工学院许可证
- 文档：https://i12g-gagneurweb.in.tum.de/public/docs/gfeat
功能
绿色基因组：
- gfgenome.获得一致意见
- 一致性kozak序列
- gfgenome.get_kozak_matrix（）
- Kozak序列矩阵（行-转录本）
- gfgenome.get_commonsis_stop_codon_context（seq=false）
- 一致性终止密码子上下文序列
- gfgenome.get_stop_codon_context_matrix（）
- 停止密码子上下文矩阵（行-转录）
- gfgenome.get_codon_pair_bias（） 密码子对偏倚
- gfgenome.get_nuclearbase_generation_table（）
- 碱基突变矩阵（在kozak序列和终止密码子上下文中包含变异位置及其类型的表）
gf成绩单：
- gfcript.codon_counts（）
- 编码序列密码子数
- gfcript.utr5基序计数（模式）
- 5'utr基序计数
- gfcript.utr3_基序计数（模式）
- 3'utr基序计数
- gfcript.codon_usage（）
- 编码序列密码子用法
- gfcript.gcu含量（地区）
- 编码序列，5'utr或3'utr g和c内容
- gfcript.get_kozak_seq（）
- 科扎克序列
- gfcript.get_stop_codon_context（）
- 停止密码子上下文
- gfcript.get_codon_pairs_frequency（） 编码序列密码子对频率
上游8月：
- 上游预测样本（seq）
- 在样本上预测（获取所有aug的信息，包括它们是否在帧中以及它们是否有终止密码子）
- 上游。用位置（seq）对样本进行预测
- 用位置预测样本（预测样本加上augs的位置）
- 使用pos熊猫对样本进行上游预测
- 使用位置预测样本并将其附加到通过的字典中
- 上游预测批次（序列列表）
- 批次预测
5'UTR类：
- FivePrimeutrSeq（数据，反向补码，contig=none，strand=none）
- 一个对象包含所有5'utr序列的列表、它们的位置、外显子、外显子的位置和相应的转录本
辅助函数：
- vcfmutator.mutate序列（区间，fasta=none，seq=whole=none）
- 突变序列
- vcfmutator.mutate密码子上下文（间隔、序列、列名）
- 变异密码子上下文
- 反向补体（dna）
- 反补
- 具有标准样本偏差标度的主成分分析（df，n_comp=2）
- 具有缩放功能的PCA
学分
这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。gfeat基于 在pyensembl包上，可以是p艺术上被看作是它的延伸。
历史记录
0.1.0（2018-09-27）
- pypi上的第一个版本。
1.0.0（2018-09-28）
- 第一次稳定释放。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
