对来自体细胞VCF的生殖系呼叫进行加密过滤。
GermlineFilter的Python项目详细描述
germline filter是一个python程序，用于icgc-tcga梦想突变调用挑战，旨在为真正的数据安全措施做出贡献。它以gatk生成的预处理和加密的germline调用文件和体细胞snv vcf文件作为输入，并返回体细胞vcf中的germline调用数。
特点：
- germlinefilter最重要的特性是程序以加密的方式运行，使其在任何服务器上运行都是安全的。流程图中描述的所有过滤步骤都是在运行时完成的，在任何时候数据都不会写入磁盘。它有三个选项：
- encrypt_germline_vcf-加密truth germline vcf（上面工作流中的预处理步骤）
- filter-根据加密的真生殖系vcf过滤体细胞vcf。这一步是以加密的方式完成的。
- get_germline_positions-获取在体细胞vcf中调用的实际生殖系位置。这一步是以一种未经加密的方式完成的，与原始的真话germline vcf相反。它只能在本地或加密服务器上运行。输出将写入制表符分隔的文件。
- 多个germline vcf可以同时进行预处理，使用一个通用的salt文件和密钥文件。
- 多个体细胞VCF对应于同一个加密的真生殖系文件可以同时过滤。与单独跑步相比，这大大提高了速度。
- 用户可以选择加密协议（aes、blowfish）；默认aes
- 用户可以选择哈希协议（md5或sha512）；默认sha512
- 获取VCF中的实际生殖线位置，以便绘制和进一步分析。
用法：
安装后，要了解如何使用细菌过滤器，请运行：
germline_filter --help
有关更多示例，请查看位于<；path to dir>；/germlinefilter-1.2/doc中的用户手册
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