ICGC-data-parser 什么是icgc数据解析器? 一个简化国际癌症基因组数据解析的库 财团数据发布,特别是简单的体细胞突变 聚合。 教程 安装 通过PyPI:安装 $ pip install ICGC_data_ ...2024-04-30 已阅读: n次
fissa 用法 有关使用FISSA的一般教程,请访问: https://rochefort-lab.github.io/fissa/examples/basic%20usage ...2024-04-30 已阅读: n次
deepsvr癌症基因组分析需要在测序数据中准确鉴定体细胞变异。在自动处理之后,最后一步是需要手动审查以细化体细胞变异调用。然而,手工变型精化是耗时、昂贵、标准化差和不可复制的。在这里,我们使用机器学习方法系统化和 ...2024-04-30 已阅读: n次
SomVarIUS未配对样本的体细胞变异鉴定 数据格式 映射读取的输入文件必须采用sam或bam格式。 要排除的已知生殖系突变位置必须在词典的pickled字典中: record[(chromosome, posi ...2024-04-30 已阅读: n次
oncodrivefmOnDriveFM从体细胞突变目录中检测候选的癌症驱动基因和途径 在一组肿瘤中通过计算功能突变累积的偏向(fm偏向)。 这种新方法避免了基于递归的方法的一些已知局限性, 例如难以估计背景突变率,以及它 ...2024-04-30 已阅读: n次
neoepiscopeneopiescope是从dna测序(dna-seq)数据预测新表位的软件。当大多数新表位预测软件将注意力局限于至多一个体细胞突变产生的新表位时,通常仅限于一个SNV,新表位镜使用组装的单倍型单倍型单 ...2024-04-30 已阅读: n次
savnetSavNet 简介 savnet是一个从体细胞突变、剪接连接和内含子保留数据中提取剪接相关变异体(savs)的软件。该软件已用于大规模外显子转录组序列分析: 人类癌症顺式作用剪接相关变异体的综合特 ...2024-04-30 已阅读: n次
GermlineFiltergermline filter是一个python程序,用于icgc-tcga梦想突变调用挑战,旨在为真正的数据安全措施做出贡献。它以gatk生成的预处理和加密的germline调用文件和体细胞snv ...2024-04-30 已阅读: n次
gvc4bam全球价值链vcf管道: gvc-vcf是genowis为下一代测序数据中的生殖系和体细胞突变(snv,indel,sv)开发的一个管道。 基本命令行参数选项: Positional Arguments ...2024-04-30 已阅读: n次
ennet 全基因组测序技术促进了增强子(smes)中大量体细胞突变的发现,而smes在肿瘤发生中的作用尚未得到充分的探索。在这里,我们提出了一种通过整合SMES、增强因子-基因相互作用和基因-基因相互 ...2024-04-30 已阅读: n次
oncodrivefml 体细胞突变中阳性选择信号的识别 此包Python名称:oncodrivefml 目前版本: oncodrivefml 2.2.0 最 ...2024-04-30 已阅读: n次
genomon-sv 从癌症基因组测序数据中检测体细胞结构变异的python工具。 此包Python名称:genomon-sv 目前版本: genomon-sv 0.6. ...2024-04-30 已阅读: n次