用于比较DNA序列的库(diff、公共块等)

geneblocks的Python项目详细描述


Travis CI build statushttps://coveralls.io/repos/github/Edinburgh-Genome-Foundry/Geneblocks/badge.svg

geneblocks是一个比较dna序列的python库。它可用于:

  • 在一组dna序列中找到公共块,将其分解(例如,仅对每个公共块进行一次分析或合成)
  • 突出显示序列之间的差异(插入、删除、突变)
  • 将genbank功能从一个记录转移到另一个共享相似子序列的记录。

在爱丁堡基因组铸造厂,我们使用基因块优化序列组装,探索未注释序列集,或可视化差异。 在序列的不同版本之间,并重新注释来自第三方(如DNA制造商)的记录。

信息

pip安装:

pip install geneblocks

github页

https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/geneblocks

live演示

Find common sequence blocks

Plot sequence diffs

Transfer Genbank features between records

许可证:麻省理工学院,爱丁堡基因组铸造厂版权所有

更多生物软件

https://raw.githubusercontent.com/Edinburgh-Genome-Foundry/Edinburgh-Genome-Foundry.github.io/master/static/imgs/logos/egf-codon-horizontal.png

geneblocks是用于dna设计、制造和验证的合成生物学软件套件的一部分。

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