NCBI的Entrez数据库中查询和检索数据的专用库
entrezp的Python项目详细描述
entrezpy自述文件
概要
$ pip install entrezpy --user
>>> import entrezpy.conduit
>>> w = entrezpy.conduit.Conduit('myemail')
>>> fetch_influenza = w.new_pipeline()
>>> sid = fetch_influenza.add_search({'db' : 'nucleotide', 'term' : 'H3N2 [organism] AND HA', 'rettype':'count', 'sort' : 'Date Released', 'mindate': 2000, 'maxdate':2019, 'datetype' : 'pdat'})
>>> fid = fetch_influenza.add_fetch({'retmax' : 10, 'retmode' : 'text', 'rettype': 'fasta'}, dependency=sid)
>>> w.run(fetch_influenza)
entrezpy是与NCBIentrez交互的专用python库。 数据库[Entrez2016]通过e-utilities（[Sayers2018]，E-Utilities）。 entrezpy有助于实现查询或下载数据的查询 从entrez数据库，例如搜索特定序列或出版物 或者提取你最喜欢的基因组。对于更复杂的查询，entrezpy提供 类entrezpy.conduit.Conduit以运行查询管道或缓存结果。
许可和版权
entrezpy在GNU Lesser General Public License v3 (LGPLv3)或更高版本下获得许可。请看https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/policies/ 关于通过e-Utilities获得的材料的版权。
安装
entrezpy至少需要python 3.6和standars python库。
pypi
通过pypi安装entrezpy，并检查：
$ pip install entrezpy --user
如果您想将entrezpy作为管道的一部分，请查看文档 （https://entrezpy.readthedocs.io/en/master/setup/installation.html#append-to-sys-path）
文件
entrezpy是使用spinx完全记录的 （http://www.sphinx-doc.org/en/stable/）。手册、使用示例和模块 在这里可以找到引用：http://entrezpy.readthedocs.io/
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