基于限制性组装等的dna克隆模拟
dnacauldron的Python项目详细描述
dna釜是一个python库,用于模拟基于限制的组装操作。提供基因部分和受体载体的序列,DNA釜将计算混合物可能产生的组合。
DNA釜是为合成生物学应用而编写的,通常用于预测和验证基于零件的装配批次。它使用简单,与biopython配合良好,可以导入和导出genbank(它保留了所有功能),并提供了高级方法,如连接器部件自动选择、线性部件的主干选择、处理大型组合部件时选择构造子集的方法。
信息
pip安装:
pip install dnacauldron
web文档:
https://edinburgh-genome-foundry.github.io/DnaCauldron/
github页
https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/DnaCauldron
现场演示
http://cuba.genomefoundry.org/simulate_gg_assemblies
许可证:麻省理工学院,爱丁堡基因组铸造厂版权所有