用于jupiter笔记本电脑的dna分析器api包装工具。
dna-analyser-ibp的Python项目详细描述
DNA分析仪IBP
用于创建回文、p53和g-四链分析的工具。作为ibp dna分析器api bioinformatics.ibp的api包装。 当前正在使用dna分析器服务器的本地主机实例处理http://bioinformatics.ibp.cz计算核心，但可以切换 到服务器的本地实例。
开始
先决条件
python=3.6
依赖性
- 请求>；=2.20
- 请求工具带>；=0.9.1
- Pyjwt>；=1.7.1
- 熊猫>；=0.23
- matplotlib>；=3.0.3
- tqdm>；=4.28
功能
- [X]G4Hunter分析仪-1.0版
- [X]G4Killer分析仪-版本1.1
- [X]G4Hunter热图-版本1.3
- [X]p53预测工具-版本1.4
- [X]新文档小补丁-1.5版
- []回文分析器
- []功能图重叠
安装
从Pypi安装测试版本。
pipenv install dna-analyser-ibp
pip install dna-analyser-ibp
快速启动
DNA分析仪使用熊猫或熊猫。首先，用户必须创建Api对象并登录到api。
fromDNA_analyser_IBP.apiimportApiAPI=Api()
Enteryouremailexample@example.czEnteryourpassword········Useruser@mendelu.czloggedin:2019-03-2719:46:56.661376
如果dna分析器api服务器未在http://bioinformatics.ibp.cz上运行，则使用此示例创建Api对象。
fromDNA_analyser_IBP.apiimportApiAPI=Api(server='http://hostname:port/api')
然后上传ncbi序列，例如Homo sapiens chromosome 12使用。
API.sequence.ncbi_creator(circular=True,tags=['Homo','sapiens','chromosome'],name='Homo sapiens chromosome 12',ncbi_id='NC_000012.12')
利用g4hunter接口分析ncbi序列。
sapiens_sequence=API.sequence.load_all(filter_tag='Homo')# get series with sapiens sequence# run g4hunter analyses with these paramsAPI.g4hunter.analyse_creator(sequence=sapiens_sequence,tags=['testovaci','Homo','sapiens'],threshold=1.4,window_size=30)
最后一步查看G4hunter分析的结果。
sapiens=API.g4hunter.load_all(filter_tag=['Homo'])# returns dataframeAPI.g4hunter.load_results(g4hunter_analyse=sapiens.iloc[0])# iloc[0] to select row from dataframe
p53/g4killer工具
使用纯文本输入运行简单工具。
# implements g4killer algorithm for generating sequence with lower gscoreAPI.g4killer.analyse_creator(origin_sequence='AATTATTTGGAAAGGGGGGGTTTTCCGA',threshold=0.5)# implements calculations of p53 binding predictor for 20 base pairs sequences API.p53.analyse_creator(sequence='GGACATGCCCGGGCATGTCC')
测试
只在直接从此存储库下载时运行测试。
pytest -v tests/
作者
- patrik kaura-main developer-patrikkaura
- josef havranek-developer
- Jan Kolomaznik - Supervisor - jankolomaznik
许可证
此项目是在gpl-3.0许可下授权的-有关详细信息，请参见LICENSE.md文件
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