diceseq 0.2.9

关于diceseq

DiceSeq（通过序列数据的动态异构剪接估计器）估计 时间序列rna序列实验中异型态比例的动态变化。 DISESEQ是基于混合比例的混合模型的贝叶斯方法 表示异构体比率。它包含了来自时间的关联 结构，通过在不同时间通过 潜在高斯过程。

DiceSeq通过命令行提供以下功能：

1. diceseq：估计时间序列数据的异构比例和fpkm 共同的，或一个时间点的。
2. dice-count：获取整个基因的读取计数，或特定的读取计数， 例如，junction读，对于只有一个内含子的基因。这是特殊设计 主要用于酵母。
3. dice-bias：估计测序偏差的参数，包括片段 长度分布、读取顺序和位置偏差参数。输出 文件可直接用于diceseq中的偏差校正。

此外，diceseq包还提供了一组函数和 属性作为面向对象的python模块。因此，你可以用一些 例如，SampleFile以可视化 高斯处理方式，或者BiasFile来可视化偏差参数。也， gtf_utils提供了一组加载gtf文件、选择基因或 自定义外显子和内含子的坐标，添加和删除 抄本。

快速启动

环境和安装：

diceseq最初是在python 2环境中开发的，因此最好使用 在PY2环境中。通过使用Anaconda平台，不管py2还是py 3，它都是 使用py2很容易设置conda环境，例如遵循commond:

conda create -n dicePy2 python=2.7 numpy==1.15.4 scipy==1.1.0 matplotlib==2.2.3 pysam==0.15.2

source activate dicePy2

在Python2环境中，通常有两种方法可以将 套餐：

• pip install diceseq
• 或者下载此存储库，并键入python setup.py install。
• 如果没有根权限，则可能需要添加--user。 环境。

参数

• 键入命令行diceseq -h

详细手册

请参阅documentation中有关如何安装、使用和查找注释数据的内容 等

参考文献

黄远华和圭多血气方刚。Statistical modeling of isoform splicing dynamics from RNA-seq time series data。 生物信息学，2016，32（19）：2965-2972。