cobamp 0.1.1

钴放大器

cobamp（基于约束的代谢途径分析）是一个包含途径分析方法的python包 用于基于约束的代谢模型。主要目的是提供一个模块化和 足够灵活，可以集成在已经实现通用的其他包（如COBRAPI、框架或CAMEO）中 代谢模型的数据结构。

cobamp依赖于optlang（https://github.com/biosustain/optlang）来求解（混合整数）线性规划 因此，问题需要从以下列表中安装兼容的解算器和python依赖项：

• cplex（首选）
• gurobi（没有显式指示符变量）
• glpk（没有显式的指示符变量或解决方案池）

当前的方法包括：

• 基本通量模式：k-最短算法
• 最小割集：mcsenumerator方法
• 基本通量模式：k-最短算法