单细胞转录体查询工具
Cell-BLAST的Python项目详细描述
单元格爆炸
cell blast是一个用于单细胞转录组学数据的细胞查询工具。
对于每个查询单元格，它在引用数据库中搜索最相似的单元格。 然后可以将引用单元格中的批注（例如单元格类型）传输到查询中 基于细胞间相似性的细胞。看我们的 preprint了解详细信息。
安装python包
我们现在只支持通过pip安装。
建议在虚拟环境中安装，请参见 virtualenv或 conda。
对于康达来说，这里有一个一行程序来建立一个空的环境 用于安装cell blast:
conda create -n cb python=3.6 && source activate cb
现在按照下面的说明安装cell blast:
确保您有TensorFlow或TensorFlow GPU的工作版本 （版本>；=1.5）。你可以跟着 official instructions 关于如何安装tensorflow（以及诸如cuda和cudnn之类的依赖项 对于gpu版本），或者只需通过anaconda安装，它可以处理 自动依赖项：
安装GPU支持的版本：
conda install tensorflow-gpu=1.8对于仅安装CPU版本：
conda install tensorflow=1.8通过运行以下命令安装Cell Blast：
pip install Cell-BLAST检查是否可以在python解释器中导入包：
import Cell_BLAST as cb
可以找到在线文档here。
基于Web的界面
我们还为 我们的ACA参考面板的现成查询。
存储库结构
Cell_BLAST目录包含cell blast python包。Datasets目录包含用于构建aca数据库的脚本。Evaluation目录包含用于基准测试的脚本 制作一些手稿的图形。doc目录包含用于生成联机文档的文件。test目录包含python包的单元测试。
联系人
请随时提交问题或联系我们 cblast@mail.cbi.pku.edu.cn 有关python包、网站或数据库的问题。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
