python中的Bam读取索引。
brip的Python项目详细描述
布里皮
Bripy是一个python库，用于按读取名称从bam中提取读取。它 使用来自Jared Simpson的bri库。在
©2019牛津纳米孔技术有限公司
安装
bripy可以使用pip安装：
pip install bripy
对于linux下的python3.5和python3.6，这将下载预编译 二进制文件，在其他环境中，将下载源发行版 并进行了编译。从源代码进行编译需要与相同的库 htslib：
^{pr2}$因为htslib是作为过程的一部分从源代码构建的。在
使用
这个库包含一个类接口和两个示例程序。到 为bam文件编制索引，以便以后检索读取运行：
bripy index <bamfile>
这个程序类似于bri index <bamfile。第二个项目
将按名称从bam检索读取：
bripy get <bamfile> <read name>
同样，这个程序类似于运行bri get <bamfile> <read name>。在
bripyAPI很简单，下面将返回一个包含
sam格式的对齐：
bri = BamReadIndex(bam_file)
sam_data = bri.get_alignments(read_name)
这个API将来可能会改变，以提供更有用的数据结构
类似于pysam.AlignedSegment。在
许可证
许可证和版权
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bripy是根据Mozilla公共许可证2.0的条款发布的。在
研究发布
研究报告作为技术示范提供，以便尽早提供 获取功能或刺激社区开发工具。支持 该软件将是最小的，只由开发人员直接提供。 欢迎提出功能请求、改进和讨论，也可以 通过forking和pull请求实现。不管我们会怎样 喜欢纠正用户可能遇到的每一个问题和反馈 开发人员支持此软件的资源可能有限。研究 释放可能不稳定，并受到牛津纳米孔的快速迭代 技术。在
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