BioUtil 0.4.0

模块、类和函数

xzfile，xzopen（）

访问各种压缩文件，当前重新组织gzip（.gz）， samtools包中的bz2（.bz2）和bgzip（.b gz，.b.gz）

tsvfile、tsvrecord、tsv

选项卡用命名字段分隔文件，用户还可以定义一些预处理 现场读写功能

vcf，vcf

VCF文件访问，取决于PyVCF， 提供一个方便灵活的界面

samfile，萨姆

基于pysam的sam文件访问。 pysam还为tabix（带有基因组位置的随机访问tsv文件）提供接口， 可以从bioutil.sam访问

快速文件，快速文件：

fasta/fastq文件IO。基于lh3readfq.

缓存fasta

从大型fasta文件中获取区域序列。本模块基于faidx 通过pysampysam.fastafile。 来自v0.1.2：旧名称fastareader被弃用，因为它会误导fastafile reader

faidx

实验性，与pyfaidx接口。

依赖性

• python=3.4
• pysam>；=0.8.2
• PyVCF>；=0.6.7
• pyfaidx>；=0.4.7

更改日志

v0.4

添加记录器类

v0.3

更改fasta/fastq writer方法

v0.2

添加fastqfile，将fastAreader重命名为cachedFasta

v0.1.1

添加FastAreder

v0.1.0

初始版本，支持xzfile、tsvfile、vffile、samfile和faidx

作者

于旭<；xuyu@genomics.cn>；

李森斯

本模块位于GPLV2 Lisense下