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bioprinter的Python项目详细描述
bioprinter(网页here)是一个python模块,用于生成活体艺术。它将图像转换成文件,液体分配器可以使用着色酵母或细菌将图像打印到盘子中。
下面是两个生物艺术的例子:
用面包酵母(白色)、紫罗兰素产生酵母(黑色)和胡萝卜素产生酵母(橙色)绘制的Dolly
用3种不同的大肠杆菌株绘制的英格兰国旗。
这些生物指纹(还有很多其他的!)在爱丁堡大学2016年Synthys开放日(Paulina Kanigowska的菌株选择和声学印刷)上发表。
BioPrinter于Github在麻省理工学院(MIT)的许可证下(爱丁堡基因组铸造厂)发布,欢迎大家贡献!
biopprinter是由Zulko在爱丁堡基因组铸造厂(edinburgh genome foundry)编写的,它是由mike shen(Mike’s project on Github)根据最初的想法和matlab代码编写的。
安装
如果已安装PIP:
(sudo) pip install ez_setup bioprinter
或者解压缩目录中的源代码并键入终端:
sudo python setup.py install
用法
在与代码相同的文件夹中,放置图像。它可以有任何分辨率,但要记住,印版的宽高比是1.5。请确保使用特定颜色标记图像的未着色背景,这里我们使用蓝色:
然后在dolly.py中编写以下代码:
frombioprinterimportbioprintbioprint(image_filename="../docs/_static/images/dolly.jpeg",output_filename="dolly.csv",bg_color=[0,0,255],# blue background represents empty wellspigments_wells={"A1":[0,0,0],# black yeast in source well A1"A2":[250,120,10],# orange yeast in well A2"A3":[255,255,255]},# white yeast in well A3quantified_image_filename="dolly_preview.jpeg")
使用python dolly.py在终端中执行。这将生成一个dolly.csv文件以及最终打印的预览图像(以便您可以检查图像在这种低分辨率下是否好看)。
在a1、a2、a3井准备一个带有正确色素酵母的源板,使用琼脂板作为目的板,并将dolly.csv喂入Labcyte Echo。印刷完成后,在30摄氏度下培养2天(细菌在37摄氏度下培养1天)。享受结果吧!