python中用于多尺度图相关和其他统计测试的一组工具
mgcp的Python项目详细描述
cran和https://github.com/neurodata/r-mgc上提供了r版本。 可以在https://github.com/neurodata/mgc-matlab找到Matlab版本。
mgcpy
mgcpy是一个python包，包含使用多尺度图相关和其他统计测试进行独立性测试的工具，能够处理高维和多变量数据。
- Overview
- Documentation
- System Requirements
- Installation Guide
- Setting up the development environment
- License
- Issues
概述
mgcpy旨在成为一个综合的独立性测试包，包括常用的独立性测试和附加功能，如两个样本的独立性测试和一个新的基于随机森林的独立性测试。这些测试不仅包括在mgc的基准测试中，而且如果用户愿意使用这些测试，它们还可以为用户提供一个方便的位置。这个包利用一个简单的类结构来增强可用性，同时也允许开发人员轻松地扩展包。该软件包可以安装在python软件包索引（pypi）和github的所有主要平台（如bsd、gnu/linux、os x、windows）上。
记录
使用的官方文档位于：https://mgc.neurodata.io/ 阅读文档：https://mgcpy.readthedocs.io/en/latest/
系统要求
硬件要求
mgcpy包只需要一台具有足够RAM的标准计算机来支持内存中的操作。
软件要求
操作系统要求
这个包支持macos和linux。该软件包已在以下系统上测试：
- 马科斯：莫哈韦（10.14.1）
- Linux:Ubuntu16.04
python依赖项
mgcpy主要依赖于python科学堆栈。
numpy
scipy
Cython
scikit-learn
pandas
seaborn
安装指南：
从pypi安装
pip3 install mgcpy
从github安装
git clone https://github.com/neurodata/mgcpy
cd mgcpy
python3 setup.py install
sudo，如果需要python3 setup.py build_ext --inplace # for cython，如果要就地测试，请首先执行此操作
设置开发环境：
创建图像并从头开始运行：
- 安装docker
- 构建docker映像，
docker build -t mgcpy:latest .- 这需要10-15分钟来构建
- 启动容器以进入mgcpy的dev env，
docker run -it --rm --name mgcpy-env mgcpy:latest
从DockerHub中提取图像并运行：
docker pull tpsatish95/mgcpy:latest或docker pull tpsatish95/mgcpy:developmentdocker run -it --rm -p 8888:8888 --name mgcpy-env tpsatish95/mgcpy:latest或docker run -it --rm -p 8888:8888 --name mgcpy-env tpsatish95/mgcpy:development
运行演示笔记本（从Docker中）：
cd demosjupyter notebook --ip 0.0.0.0 --no-browser --allow-root- 然后复制它生成的url，它看起来像这样：
http://(0de284ecf0cd or 127.0.0.1):8888/?token=e5a2541812d85e20026b1d04983dc8380055f2d16c28a6ad - 在上面的链接中编辑此：
(0de284ecf0cd or 127.0.0.1)到：127.0.0.1，然后在浏览器中打开它 - 然后打开
mgc.ipynb
要将本地文件装入Docker容器：
- 执行
docker run -it --rm -v <local_dir_path>:/root/workspace/ -p 8888:8888 --name mgcpy-env tpsatish95/mgcpy:latest，用本地目录路径替换<local_dir_path>。 - 在容器中查看装入的文件时，请执行
cd ../workspace。mgcpy包代码将位于/root/code目录中。
- 执行
mgc算法的流程
功率曲线
- 在https://arxiv.org/abs/1609.05148中重新创建了图2，添加了mdmr和fast mgc
许可证
此项目在apache 2.0许可证下涵盖。
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