可扩展到大型真核生物基因组的无参考文献变异发现

biokevlar的Python项目详细描述


kevlar build statusPyPI versionTest coveragekevlar documentationDocker build statusMIT licensed

 What if I told you we don't need alignments to find variants?

芳纶

Daniel Standage,2016-2019年
https://kevlar.readthedocs.io

欢迎使用kevlar,无需将读数映射到参考基因组即可预测de novo遗传变异的软件! kevlar的k-mer丰度方法用一个简单的模型同时调用单核苷酸变体(snv)、多核苷酸变体(mnv)、插入/删除变体(indels)和结构变体(svs)。 这个软件在麻省理工学院的许可下是免费使用的。

<详细信息>在哪里可以在线找到Kevlar?
  • 资源库:https://github.com/dib-lab/kevlar
  • 文档:https://kevlar.readthedocs.io
  • 稳定版本:https://github.com/dib-lab/kevlar/releases
  • 问题跟踪:https://github.com/dib-lab/kevlar/issues

如果你对凯夫拉尔有疑问或需要帮助,那么GitHub issue tracker应该是你的第一个联系点。

<详细信息> 如何安装Kevlar?

有关完整的说明,请参见the kevlar documentation,但不耐烦的人可以尝试以下操作。

pip3 install git+https://github.com/dib-lab/khmer.git
pip3 install biokevlar
<详细信息> 如何使用凯夫拉尔?
  • 安装说明:http://kevlar.readthedocs.io/en/latest/install.html
  • 快速入门指南:http://kevlar.readthedocs.io/en/latest/quick-start.html
  • 教程:http://kevlar.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
<详细信息>我该怎么做?

我们欢迎社会各界对凯夫拉尔项目的贡献! 如果您有兴趣修改凯夫拉尔或贡献其正在进行的发展,请随时给我们发送一个消息或提交一个拉请求!

Kevlar软件是加州大学戴维斯分校Lab for Data Intensive BiologyComputational Genomics Lab的一个项目。

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

推荐PyPI第三方库


热门话题
java如何通过编程更改安卓中imagebutton的大小   Java Web应用程序中的angularjs路由   以更智能的方式在JUnit5(或其他测试Java库)中使用数组进行参数化   java在16位颜色深度的Graphics2D中绘制时颜色错误   java有可能在需要时从Firebase手动检索数据,以及如何组合查询?   格拉德尔爪哇。lang.NoSuchFieldError:md2   java中的循环乘法表错误   用于检测圆括号的java正则表达式   如果我们使用新字符串(“abcd”),java就是在堆中创建的字符串对象   java有没有办法让JOptionPane下拉菜单为所选选项输出数字?   javasocket与URL网站访问   java如何创建不同数据类型的列表,根据类型迭代并执行不同的操作?   java JSP获取html类型=数字输入字段的值   java Android谷歌地图圈可点击