用于从BEL文档存储库加载数据的实用程序。
bel-repositor的Python项目详细描述
用于使用pybel[1]从bel文档存储库加载数据的实用程序。
安装
bel_repository可以使用以下命令从pypi安装:
$ pip install bel_repository
最新版本可以通过github安装:
$ pip install git+https://github.com/pybel/bel-repository.git
用法
fromtypingimportMappingfrombel_repositoryimportBELRepositoryfrompybelimportBELGraph# Build a repository by giving a folderbel_repository=BELRepository('/path/to/folder/with/bel/')# Get a mapping from paths to graphsgraphs:Mapping[str,BELGraph]=bel_repository.get_graphs()
参考文献
[1] | Hoyt, C. T., et al. (2017). PyBEL: a computational framework for Biological Expression Language. Bioinformatics (Oxford, England), 34(4), 703–704. |