banzai是一个微生物基因组学下一代测序（ngs）管道工具
Banzai-NGS的Python项目详细描述
班扎伊微生物基因组学管道目前处于封闭状态。拜托 star或follow此存储库在 可公开获取。
安装
关于
banzai是一个微生物基因组学下一代测序（ngs）管道工具 在昆士兰大学的Dr Scott Beatson’s Group内开发。
万载从Banzai ‘Pipeline’ surf break继承了它的名字。
banzai旨在简化大型ngs数据集的分析。一直以来 专门设计用于在内部和外部分配工作负载 高性能计算（HPC）资源以及本地可用资源 工作站。
核心功能
- Banzai允许：
- NGS读数的数据验证/质量控制，
- NGS的从头组装如下所示，
- NGS读取到参考基因组的映射，
- 根据图纸组件订购混凝土或脚手架 参考基因组，
- 系统基因组学任务（全基因组比对，基于单核苷酸多态性，重组 检测）
- 注释草图部件，
- 充实草图部件的注释，
- 执行常见的实用程序任务，如创建blast数据库， 文件格式转换等。
banzai支持ngs平台，这些平台主要用于微生物 基因组学项目。
- 平台包括：
- Illumina（单端（SE）、双端（PE）和配对（MP） 阅读），
- 454（SE和PE读取）
- ABI SOLiD颜色空间读取并
- Pacific Biosciences读取（正在开发中）
banzai默认面向100 bp illumina对端读取。
理念
banzai（在大多数情况下）不提供新的ngs算法，它利用 出版和测试的ngs工具的威力。简单地说，banzai简化了，自动化了 并分配计算工作负载，这是 大型ngs数据集分析。
开发人员
- 以下是对万载的重大贡献：
- Mitchell Stanton Cook（首席开发人员）
- Elizabeth Skippington（系统基因组学部分的发展）
- 尼科·佩蒂（设计和测试）
- Nouri Ben Zakour（设计和测试）
- 斯科特·比特森（设计）
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