使用BAM格式的成对读取
BamTyper的Python项目详细描述
88888888888
888"88b"888
888.888p 888
88888 k.888b.888b.d888b.8888888888B.D888B.888D888
888"Y88B"888"888"88B 888 888"888 888"88B D8P"Y8B 888P"
888{888.D88888888 888 888 888）888 888 888/888 888 888/888 888 888 888 888 88888）88888888888888 88888 Y8B.888
888 P""Y8888 888"888"Y888"888"Y888 888P""Y8888"888
888 888
Y8B D888
"Y888"888；概述
脚手架）使用管道：
/usr/bin/env python
来自bamtyper.utilities导入bamparser btbp
bp bp=btbp（）
bam some types=bp types（bamfiles）
其中：
bamfiles>bam名称列表
其中：
类型--方向类型：
0:输出：<；---->；
1:相同：-->；-->；
2:输入-（>；--
>35；获取链接对：
35；！/usr/bin/env python
from bamtyper.utilities import bamparbe btbp
bp bp=btbp（）
（links，ref of lengthlengthlength，coverage）=bp.getlink（bamfiles，docoverage=true）
ct包含两个contig之间的链接信息
{c1:（c2，链接链接，类型gap），…和}
其中：
在链接上-悬停读取的次数确认链接
链接类型-两个控件（开始和结束）的相对方向
ss、se、es、ee或erroren te two contig s
coverage s——包含BAM文件中每个contig的片段覆盖率的dict
{c1[（cov1，cov2，-（covn），……}
ref lenges——包含所有contigs的长度的dict
{c1:len，…ref lenges}
注意：
typebamr将自动计算每个文件中读取的
的方向和插入大小，并在此基础上估计链接的类型和间隔
35；在命令上：
typer type>分析文件并确定文件键入
$bam typer type bam file.bam
确定bam"bamfile"的OT
方向：在insert:301中，stdev:29
br links>.bam
1.
contig2，[contig1，39，se，69]
contig1，[contig2，39，es，69]
]，[contig1，4，ee，45]
contig1，[contig2，4，ee，45]
$bamtyper链接bamfile1.bam bamfile2.bam-c
contig1，[contig2，4，ee，45]
contig3 0.6206 0.5234
contig2 0.6558 0.0123
contig1 0.6523 0.5634
f 62x和52x分别
管理
有关详细信息，请参见license.txt。
888"88b"888
888.888p 888
88888 k.888b.888b.d888b.8888888888B.D888B.888D888
888"Y88B"888"888"88B 888 888"888 888"88B D8P"Y8B 888P"
888{888.D88888888 888 888 888）888 888 888/888 888 888/888 888 888 888 888 88888）88888888888888 88888 Y8B.888
888 P""Y8888 888"888"Y888"888"Y888 888P""Y8888"888
888 888
Y8B D888
"Y888"888；概述
脚手架）使用管道：
/usr/bin/env python
来自bamtyper.utilities导入bamparser btbp
bp bp=btbp（）
bam some types=bp types（bamfiles）
其中：
bamfiles>bam名称列表
其中：
类型--方向类型：
0:输出：<；---->；
1:相同：-->；-->；
2:输入-（>；--
>35；获取链接对：
35；！/usr/bin/env python
from bamtyper.utilities import bamparbe btbp
bp bp=btbp（）
（links，ref of lengthlengthlength，coverage）=bp.getlink（bamfiles，docoverage=true）
ct包含两个contig之间的链接信息
{c1:（c2，链接链接，类型gap），…和}
其中：
在链接上-悬停读取的次数确认链接
链接类型-两个控件（开始和结束）的相对方向
ss、se、es、ee或erroren te two contig s
coverage s——包含BAM文件中每个contig的片段覆盖率的dict
{c1[（cov1，cov2，-（covn），……}
ref lenges——包含所有contigs的长度的dict
{c1:len，…ref lenges}
注意：
typebamr将自动计算每个文件中读取的
的方向和插入大小，并在此基础上估计链接的类型和间隔
35；在命令上：
typer type>分析文件并确定文件键入
$bam typer type bam file.bam
确定bam"bamfile"的OT
方向：在insert:301中，stdev:29
br links>.bam
1.
contig2，[contig1，39，se，69]
contig1，[contig2，39，es，69]
]，[contig1，4，ee，45]
contig1，[contig2，4，ee，45]
$bamtyper链接bamfile1.bam bamfile2.bam-c
contig1，[contig2，4，ee，45]
contig3 0.6206 0.5234
contig2 0.6558 0.0123
contig1 0.6523 0.5634
f 62x和52x分别
管理
有关详细信息，请参见license.txt。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
