一起使用Snakemake和Dask有意义吗?我有一个蛇形工作流,我一直在使用它来训练DL TensorFlow模型。在高层次上,有一些长期运行的作业(模型培训)可以并行运行。我想在云上运行这些dask-cloudprovider似乎是一个很有希 ...2024-05-13 已阅读: n次
在没有蛇人的情况下执行蛇人工作流我正在使用R和网状库在一个以R为主的项目中运行一些python代码。我的目标是以某种方式将snakemake工作流包装到R脚本中,以便Snakefile使用与R代码其余部分相同的环境。如果它是一个正则 ...2024-05-13 已阅读: n次
修改日志文件的名称以包含jobid我正在尝试将规则名、通配符和外部作业id包含到管道的日志文件名中,以使调试过程更加顺利(例如:snakejob.<rulename>.<wildcard>.e<jobid ...2024-05-13 已阅读: n次
在Pygam中创建蛇尾 我正在用pygame创建一个蛇形游戏,我在蛇尾方面遇到了一些问题。问题是我真的不知道该怎么做。你知道吗 我检查我的蛇去哪里(上,下,左或右),然后我添加+分数块后面的蛇头。这样,如果蛇吃了4个苹果, ...2024-05-13 已阅读: n次
蛇:测量CPU用户时间,而不是墙时间在蛇行中 如何记录在用户空间中花费的CPU时间,而不是整个运行时? 我了解蛇形测量壁时间,以及平均载荷。为什么snakemake不记录cpu用户时间?你知道吗 我有一个从平均负载计算cpu用户时间的想 ...2024-05-13 已阅读: n次
使用script param在Snakemake中指定Python版本我有一些代码,我正在合并到一个蛇形管道。我还希望能够独立于Snakemake运行代码,所以我想编写灵活的代码。我有一个可以被Snakemake读取的配置文件,还有一个备用的配置文件,如果代码在Snak ...2024-05-13 已阅读: n次
将具有多个函数的python脚本转换为SnakeM我有一个输入文件,每一行对应一个序列,我需要对这些序列中的每一个进行多次检查(已经用python脚本和多个函数完成了)。其中一些检查(函数)彼此不依赖,可以并发运行。所以我想用蛇饼。你知道吗 问题是, ...2024-05-13 已阅读: n次
蛇行丛书snakemake.utils公司我有一个奇怪的问题,来来往往,我真的不知道什么时候,为什么。 我在运行这样一条蛇形管道: conda activate $myEnv snakemake -s $snakefile --con ...2024-05-13 已阅读: n次
如何使用Snakemake中的expand函数对列表进行排列或组合可能是蛇形游戏中一个非常基本的问题,但我目前还没有找到答案。假设我有一份样品清单 SAMPLES = ["A", "B", "C"] 典型的expand命令如下所示: expand("{sample ...2024-05-13 已阅读: n次
在Snakemake参数部分使用特殊符号我创建了以下蛇形规则: rule cutadapt: input: input output: output log: logs ...2024-05-13 已阅读: n次
每秒翻转一个数组并反转基本上,我在python的“example”中有一个矩阵(虽然大得多)。我需要用一些python代码生成数组“example”和一些python代码。我想一个for循环是合适的-但是我该怎么做呢?在 ...2024-05-13 已阅读: n次
有没有一种方法可以使用Sphinx(autodoc)显示Snake文件的文档字符串?我正在编写一个包,包括一些python文件和一个Snakefile,用于自动化我的工作流程 到目前为止,我通过Sphinx中的autodoc函数以docString的形式实现了文档的自动化。现在我想让 ...2024-05-13 已阅读: n次
serpentine 蛇形装箱 局部涂抹hi-c接触图中的噪声区域,作为微分分析的前奏 目录 Synopsis Installation Documentation Authors Copyright ...2024-05-13 已阅读: n次
snakeless无蛇形 Write true serverless apps with joy 说明 snakeless是一个试图简化在上部署无服务器应用程序的工具 不同的平台。 它很容易被插件扩展。你可以为附加 ...2024-05-13 已阅读: n次
snallygaster#蛇形石 用于扫描http服务器上的机密文件的工具 什么? snallyMaster是一个工具,它可以查找不应公开的Web服务器上可访问的文件 会带来安全隐患。 典型的例子包括可公开访问的git存储 ...2024-05-13 已阅读: n次
serpentTools 一套用来与 SERPENT[1]输出文件简单而完美。 SERPENT蒙特卡罗代码 由芬兰VTT技术研究中心开发。 更多信息,包括SERPENT的分发和许可,可以是 可在http://monte ...2024-05-13 已阅读: n次
nbpipeline 用于Jupyter笔记本的蛇形管道,产生交互式 管道报告如下: 安装和一般说明 现在仍然是这个软件的早期,所以请记住 它还没有准备好生产。注:为了简单起见,我假设 您正在使用最近安装了git的ub ...2024-05-13 已阅读: n次
snakecase蛇形壳转换器 Covert camelCase to snake_case 屏幕截图 安装 $ pip install snakecase 用法 import snakecase print ...2024-05-13 已阅读: n次