如何使用Snakemake中的expand函数对列表进行排列或组合

Question

可能是蛇形游戏中一个非常基本的问题，但我目前还没有找到答案。假设我有一份样品清单

SAMPLES = ["A", "B", "C"]

典型的expand命令如下所示：

expand("{sample}.txt", sample=SAMPLES)

但我想得到相同样本列表的组合（甚至排列）

做：

expand("{sample}-{sample}.txt", sample=SAMPLES)

我会给你

 A-A.txt, A-B.txt, A-C.txt, B-A.txt, B-B.txt, B-C.txt, C-A.txt, C-B.txt, C-C.txt

相反，我想要：

A-B.txt, A-C.txt, B-C.txt

在expand function的蛇形文件中，他们说：

默认情况下，expand使用python itertools函数product，该函数生成所提供的通配符值的所有组合。但是，通过插入第二个位置参数，它可以被任何组合函数替换，例如zip

但是，我不能用itertools.combinations函数替换product，因为从source code of expand可以看出，您不能将r（输出元组的长度）参数指定给expand。做

import itertools
expand("{sample}-{sample}.txt", itertools.combinations, sample=SAMPLES)

返回一个错误'list' object cannot be interpreted as an integer。但是它与itertools.product一起工作

我想我可以在调用expand之前使用itertools.combinations创建两个规则之外的列表，但我希望从Snakemake社区获得一种优雅的方法

谢谢

Answer 1

也许可以在expand内完成，但我认为如果没有它，生成感兴趣的列表会更容易。例如：

SAMPLES = ["A", "B", "C"]

combs = []
for x in itertools.combinations(SAMPLES, 2):
    combs.append('%s-%s.txt' %(x[0], x[1]))

print(combs)                                                                                                                                                                                                                                                                      
['A-B.txt', 'A-C.txt', 'B-C.txt']

现在使用combs无论您在哪里使用expand(...)。假设^ {< CD1>}只是一个返回列表的便利函数，但不必使用它